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蛋白质组学的质谱测量
用MALDI质谱或ESI质谱测定蛋白质分子量
- 验证已知的蛋白质
- 确定已知蛋白质翻译后修饰的类型和数量
- 首先通过未知蛋白质的分析
利用蛋白水解消化和准确的质量测量的肽质量指纹(PMF)
- 通过与数据库条目匹配来验证已知的蛋白质
- 通过与数据库条目匹配来识别未知的蛋白质
- 定位单个肽的翻译后修饰
利用质谱/质谱或酶解结合质谱进行肽序列测定
- 识别未知的蛋白质使用部分序列和数据库匹配
- 定位单个氨基酸的翻译后修饰
- 验证已知的蛋白质
蛋白质组学集团
电喷雾离子化(ESI)
ESI质谱(MS)最早是由山下和Fenn1在1984年出版的,但它是基于由多尔,Iribarne和汤普森先前的工作。纳米电喷雾的在1996年问世,由肾母细胞和Mann出版,增加了使用ESI MS的,特别是当样品中的浓度或量是有限的。已经提出了关于ESI的机制,这两种理论:带渣模型和离子弹射模型。在该电荷的残基模型,总电荷液滴的保持相同随着溶剂蒸发,并且它被留在非挥发性组分。在离子喷射模型,从液滴中直到从库仑斥力的力溶剂蒸发克服液滴的表面张力和个别离子排出。在任一情况下,所得到的离子高度带电,并且每个具有在电荷数(称为电荷状态分布)的分布。用于生物分子例如肽和蛋白质,该电荷通过质子化或去质子化引入的。
准备样品
感兴趣的分析物通常溶解在水溶液中,并与等量的挥发性有机溶剂混合。然后将该溶液装入纳米祈祷发射器进行单样品分析,或者在电喷涂之前对其进行液相色谱分析(LC-ESI MS)。
样品的分析
使用ESI针和孔板之间的电压差喷洒每个样品。在某些情况下,使用反压或护套气体来帮助喷雾的雾化。在这种仪器中,电喷雾电离是在大气压下进行的。然后,离子被引入到真空使用几个直接光学,而溶剂和其他中性分子被排除使用撇脂。在这个特殊的仪器中,离子通过四极(记为主束)传输和聚焦;然后,利用正交飞行时间(TOF)质谱仪进行质量分析。串联质谱(MS/MS)也可以在主束流中使用碰撞诱导解离(CID)进行,因此该仪器主要用于肽测序。
- 林毅夫(译)。电喷雾离子源。这是免费飞机主题的另一个变体。期刊。88年化学,4451 - 4459。
基质辅助激光解吸电离
MALDI MS首先通过迈克尔Karas的和弗朗兹Hillenkamp1在1985年,当他们使用色氨酸作为在激光解吸MS实验其他氨基酸的矩阵出版。田中耕一的组意外地发现,与金属颗粒混合样品允许大分子如完整的蛋白质的分析。在1988年,这两个群体使用细金属granules2和有机acids3作为基质,分别发表于完整蛋白MALDI MS的应用。
准备样品
感兴趣的分析物溶解(通常在水溶液)中并用大大过量的基质混合(1000:1至10000:1)。所述基质通常为有机酸,如苯甲酸或肉桂酸的衍生物,但其它化合物也工作。该混合物的小等分(0.5 - 1.0微升)被沉积在不锈钢试样台并使其风干。为了校准,内标可以被掺入到基质溶液或另一点可以被附近放置用于外部校准。
样品的分析
样品沉淀干燥后,板被放置在仪器通过真空联锁室。每个样品用脉冲氮激光器(lambda = 337 nm)照射,以在气相中产生离子(解吸/电离)。质量-电荷比(m/z)是用轴向TOF质谱仪测量的。离子可以在线性模式(高灵敏度,但低分辨率)或反射模式(低灵敏度,但高分辨率)下被检测。
- Karas的,M.,巴赫曼,D.,和Hillenkamp,F.(1985)。波长有机分子的高辐照度紫外激光解析质谱的影响。肛门。化学。57,2935年至2939年。
- 田中基,Waki, H., Ido, Y.,秋田,吉田,Y.,吉田T.(1988)。用激光解吸飞行时间质谱分析蛋白质和聚合物可达10万m/z。快速Commun。质谱仪,2,151 -153。
- Karas的,M.,Hillenkamp,F.(1988)。与分子量超过10,000道尔顿蛋白质的激光解吸电离。分析化学。60,二二九九年至2301年。
飞行时间(TOF)质量分析
理论背景
离子在离子源中使用高电压(20 - 25kv)快速加速。在这个初始加速度之后,离子在场自由区漂移,直到它们与探测器相撞。
Ep = q * V
- 带电粒子在电场中的势能是由粒子上的电荷q乘以电压V的大小决定的,这个势能转化为动能。
埃克=½mv2
- 粒子的动能等于粒子的质量(m)乘以速度(v)的平方除以2。设势能和动能相等,“飞行时间方程”可以简单地表示为:Ep = Ek
qV =½mv2
- 然后,用距离除以时间(d/t)代替速度。
qV =½m (d / t)2
2 v =医学博士2/ QT2
(2 vt2) / (d2= m/q = m/z
- 因此,可以测量每个离子的质量-电荷比。
数据采集
采用瞬态记录法获得光谱。从探测器发出的信号量在每次激光发射后记录一段时间。最后的质谱显示为单个时间记录的平均值。在这些光谱中,重要的是考虑峰的信噪比(S/N)。S/N值差的离子信号可能不可靠;另一方面,重要的是要防止探测器饱和,如果低质量离子信号的S/N值过高,就会发生检测器饱和。此外,必须仔细监测同位素比率测量的S/N值。