科技园下一代测序核心 - 史密斯维尔
监军（J-J）的沉，博士
导向器
得克萨斯大学MD安德森癌症中心科技园下一代测序大学（NGS）基金成立于2012年，由$ 6M核心设施支持奖CPRIT支持。该设备支持被再次竞争在2016年有一个额外的$ 500万CPRIT核心设施支持奖。我们的工厂是在得克萨斯州中部地区NGS资源支持创新和高影响力的癌症研究需要广泛的NGS DNA-或RNA测序能力。乐动体育LDsports中国我们的NGS设备是围绕用户群超过40癌症研究人员从MD安德森科技园和休斯顿校区，德克萨斯大学奥斯汀分校，UT医学院休斯敦贝勒医学乐动体育LDsports中国院的建立，卫理公会医院研究所，莱斯大学，德州A＆M，和得克萨斯州州立大学 - 圣马科斯。其他合格的研究人员在德克萨斯州中乐动体育LDsports中国部地区可以访问NGS设施，主题服务的可用时间上的音序器。我们已经建立了多个测序方案，包括低投入的样品及其相关的生物信息学管道的协议。我们将继续增加基于我们的用户群的研究需要的新功能。乐动体育LDsports中国
使用这个核心需要在您的出版物中确认CPRIT核心设施支持赠款(#RP120348 & #RP170002)，而不管资金来源。
服务和仪器
我们的服务包括:
RNA-seq
- 总RNA
- 基因
- 超低输入
- microrna的
- FFPE（总访问）
DNA-SEQ
- 人类/鼠标外显子组测序
- 芯片起
- 约化表示亚硫酸氢盐测序(RRBS)*
- 全基因组硫酸氢盐测序（WGBS）*
*结合DNA甲基化分析核心
我们的仪器包括：
测序
- Illumina HiSeq 3000 -主要的NGS平台
- Illumina NextSeq 500 -主要的NGS平台
- Illumina MiSeq -小型NGS平台
- Illumina cBot -从单分子DNA模板创建克隆簇
质量控制
- 安捷伦2100生物分析仪-基于微流体的核酸质量控制平台
- Agilient 2200 TapeStation - 用于核酸QC琼脂糖凝胶基于平台
- ABI QuantStudio 6的Flex - 图书馆定量
图书馆准备
- Covaris S200 - 精密超声仪
- 高通量自动化液体处理系统
- 蓝色Pippin制备电泳
主任和工作人员
导向器
沈建军教授，博士。
jianshen@mdanderson.org
512-237-9558
乐动体育LDsports中国研究实验室经理
路易斯Coletta，M.S.
ldcoletta@mdanderson.org
512-237-6446（办公室）512-237-9526（实验室）
资深研究科学家乐动体育LDsports中国
梅丽莎痴笑，博士
msimper@mdanderson.org
512-237-9484
乐动体育LDsports中国研究人员
陈Yueping,硕士
yuechen@mdanderson.org
512-237-9555
生物统计学和生物信息学
吕岳副教授，博士。
ylu4@mdanderson.org
512-237-9527
关联刘斌教授，博导
bliu1@mdanderson.org
512-237-9437
Unix系统管理员
萨拉（莎莉）加迪斯，学士学位
salgaddis@mdanderson.org
512-237-6577
乐动体育LDsports中国研究助理二世
马修布兰布尔
mdbramble@mdanderson.org
512-237-6617
乐动体育LDsports中国研究技术员三世
卡罗尔Mikulec
cmikulec@mdanderson.org
512-237-9483
联系我们
弗吉尼亚·哈里斯·科克雷尔癌症研究中心乐动体育LDsports中国
在德州大学安德森癌症中心的科学园
表观遗传学和分子致癌学系
邮寄地址：邮政信箱盒389，史密斯维尔，德克萨斯州78957
物理地址：1808公园路1C，史密斯维尔，德克萨斯州78957
监军（J-J）的沉，博士
主任，科技园区NGS设施
教授，表观遗传学和分子致癌
512-237-9558
jianshen@mdanderson.org