测序和非编码RNA计划
的测序和非编码RNA程序(ncRNA核心)是的一个集中的共享资源靶向治疗中心在MD安德森癌症中心。我们的使命是提供MD安德森社区和它的网络的研究人员的最全面的数据有效地通过尖端乐动体育LDsports中国技术和用于DNA基因分型和RNA转录谱功能基因组学领域技术人员的专业知识，如在表达，LncRNA和小非编码RNA新颖转录物以及该发现的利用（ncRNA的）作为基础和平移癌症研究的生物标志物。乐动体育LDsports中国我们的目标是为研究人员提供全方位服务的乐动体育LDsports中国实验室，包括通过数据生产与快速的周转时间，质量数据，可承受的价格和灵活的样品制备，以满足您的研究需求
主要服务
Illumina公司NextSEQ 500新一代测序：该ncRNA的核心提供了Illumina的高通量测序NextSeq 500定序器，其能够产生高达4亿单的读取和800百万配对末端每次完全运行读取，与输出数据〜19 - 运行时间内120个千兆碱基序列的范围从19-29小时。有两种类型的高或中间输出测序试剂盒支持（见表）。所述NextSeq 500是非常可伸缩的允许其支持多种DNA和RNA的应用，包括，小基因组测序，靶向基因组的测序，如芯片起，RIPseq，CLIPseq和全基因组测序;链mRNA和全转录组和小RNA测序，测序表观遗传学来分析DNA CpG岛甲基化修饰也是如此。您将能够决定被复用的基础上所需要的最大的数据覆盖询问样品的复杂应用程序的样本数量。核心提供全方位服务的文库制备和样品QC。包括在测序的成本是通过Illumina的BaseSpace（SNP / InDel标记打电话，转录丰）基本生物信息学分析。
NextSeq 500测序性能
NextSeq 500高输出和中输出套件
Illumina公司NextSeq 500种NGS数据分析和生物信息学技术支持
测序原始数据处理和下游分析都可以通过有偿服务的使用所采用的标准管道通过生物信息学团队基因医学部提供MD安德森登月计划项目和内部/外部项目。详细信息在随后的部分中提供。
PacBio续集SMRT测序
该PacBio续集测序是一个成熟的第三代单分子实时（SMRT）技术这提供了超长测序序列(8-12Kb)，具有较高的一致性准确性(99.9999%)，均匀的覆盖范围，并在单分子分辨率下同时进行表观遗传学表征。续集SMRT测序直接测量单个分子，使用长读来充分表征遗传复杂性，包括罕见的snp、indel、结构变异、单倍型和相位。单分子分辨率可以对非均质样品进行全面的表征，并识别出多分子测序技术所不能识别的变异。PacBio Sequel SMRT测序系统为de - novel提供了超长的读取长度，简化和改进了基因组装配，没有参考文献。Iso-Seq RNA测序提供长读全长转录本和异构体跨poly(A)尾至5 '端，无需装配，是改善参考基因组注释、表征基因异构体、选择性剪接和基因融合事件的理想选择。PacBio Sequel SMRT测序实时检测单核苷酸修饰，直接测量测序过程中碱基添加的动力学特性。这些动力学测量显示了对各种碱基修饰如5-甲基胞嘧啶、5-羟甲基胞嘧啶、6-甲基ladenine、8-oxoguanine等的响应特征模式。Sequel SMRT测序预计研究人员将使用这种能力在单碱基分辨率下研究乐动体育LDsports中国大范围的碱基修饰。
Pacbio续集服务：“排序和非编码RNA的程序核心”报价1）续集SMRT钟DNA和RNA文库制备和SMRT测序服务。所述SMRT钟文库制备可以从全基因组装配任一高分子量的基因组DNA开始，并复用于靶向基因组测序PCR扩增子（一个或多个）。或cDNA SMRT钟文库从高质量完整的总RNA转化为全转录组测序（ISO-SEQ法）。请点击PacBio续集SMRT测序有关样品要求或访问我们的定价页。
生命离子质子系统新一代测序：
我们提供的应用生物化学直接转化的化学信息转换成数字数据离子质子半导体测序技术。基于芯片的半导体测序可以帮助您将运行扩展到您的研究需求。乐动体育LDsports中国离子PI™芯片提供了80-100米距离读取，让您序列1-3人的外显子组或每运行1-8人的RNA转录整体。对于离子质子的应用是理想的外显子测序，测序芯片和离子Ampliseq™针对性的DNA面板和Ampliseq™快速结果的人转录RNA面板，成本低，便于简化数据分析。所有预先设计的DNA和RNA Ampliseq™面板可以发现https://www.ampliseq.com/。核心提供样品QC，样品库和测序模板制备和测序数据产生。离子质子测序的特点被列为https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/4476610
Affymetrix基因表达谱和基因分型:
Affymetrix有数百个基因芯片，即使不是全部，也跨越了许多种物种。我们为所有Affmetrix基因芯片产品提供RNA转录组表达谱和SNP基因分型的全套服务。全套服务包括样品质量控制、样品处理和目标标记、阵列杂交、杂交后清洗/染色、阵列扫描和数据处理。简单的数据分析使用免费下载Affymetrix TAC软件也提供。周转时间约3-5个工作日。
下载Affymetrix TAC软件URL:
自定义阵列系统，小型非编码RNA和miRNA表达谱：
进行了内部芯片平台和具有剖析每周最多约48样本的能力。该节目的导演，昌公刘，博士，谁开发了第一个非编码RNA / miRNA芯片平台。核心有能力来构建自定义小非编码RNA的阵列，如记录在出版物证明数据miRNA和tsRNA阵列。
HTG EdgeSeq-RNA提取无针对性的RNA测序
HTG分子诊断HTG Edgeseq是一种数字量化系统，使用S1核酸酶保护试验，直接从最困难的FFPE、血清/血浆、PAXgene、培养细胞、新鲜或冷冻组织样本中分析目标基因，不需要提取RNA。HTG在市场上有几种商业产品。请访问HTG网站查看列出的产品及其应用https://www.htgmolecular.com
实时PCR数据验证:所有的高通量基因芯片和未来的基因测序数据需要一个独立的技术来验证它。为了支持基因表达定量和SNP检测，我们提供应用生物系统公司7900HT快速实时PCR系统用大约两到三小时的周转时间的数据验证。
RNA/DNA样本质量和数量检查(QC)
高品质的数据从高质量完整的RNA或DNA产生作为起始原料。我们使用安捷伦生物2100和赛默飞世科学使用Nanodrop™1000谱仪QC每一个接收到的RNA和DNA样本，并给QC成果一小时回样品提交内报告，处理之前。