经常问的问题
1.什么是周转时间?
整个RPPA过程大约需要8-10周才能完成(这个时间框架包括样品积累和样品处理时间)。一旦我们从客户那里积累了1000个样品，以容纳全套样品，RPPA处理时间大约是4周。服务以“先到先得”的方式提供。我们鼓励您尽快提交您的在线表格和样品。
*注意:在iLab的要求得到完全批准，并与核心人员确定交付或发运样品的日期和时间之前，您不能提交样品
2.我应该如何准备样本？你有特殊协议吗？
是的，我们有蛋白质提取方案贴在其中抗体信息与协议页面。您也可以通过iLab从核心购买裂解缓冲液和SDS样品缓冲液。费用为1.50美元/毫升(加上适用的费用)。请联系核心人员安排缓冲区的提货或装运。如果我们将运输缓冲区，将需要一个有效的联邦快递号码的运输费用。
3.完成后，我可以预期从核心收到哪些信息和数据？
您的数据集将排列在Excel文件中。它包括LOG2中的原始数据，线性值中的标准化数据。您将能够使用归一化线性值生成条形图或其他格式化的图形。我们还提供了以中心为中心的LOG2值的简短热带。这些热量表表示您参考的可视化图。请咨询您的生物信息学集团进行进一步详细分析。
4.如何规范数据集？
我们通过蛋白质负载对每个数据集进行归一化。与b-Actin或GAPDH的western blot不同，我们使用整个抗体组来使蛋白负载正常。归一化过程为:
- 将原始数据从log2值转换为线性值。
- 确定样本中每个抗体的中位数。
- 将每个原始线性值除以每种抗体内的中值以获得中心的中值比率。
- 在整个抗体面板上的每个样品计算中位数的中位数（从步骤3）计算中位数。该中位数作为蛋白质加载调整的校正因子（CF.1），每个样品具有其自身的校正因子。如果校正系数高于2.5或低于0.25，我们会考虑样品一个异常值。
- 将线性值(步骤3)中的每个中位数比除以校正因子(步骤4中的cf1)，得到归一化后的线性值。
我们计算校正因子并为您提供归一化的线性值。我们还列出了Excel文件中的校正因子（CF.1）（标准化线性值页面上的最后一列），以便参考确定样本异常值。
5.我们如何量化蛋白质表达和修饰?
我们使用MD Anderson Cancer Cents的生物信息学和计算生物学系开发的“超级凝固拟合”方法来定量蛋白质表达和改性。简而言之，“标准曲线”由每个载玻片上的5808个斑点构成（一个抗体探测的一个载玻片）。这些斑点包括每个样品的5个系列稀释液，以及不同浓度的标准裂解物的528 QC斑点。每个样品的蛋白质表达和修饰的相对水平通过将每个稀释曲线插入到载玻片（抗体）的“标准曲线”（抗体）的“标准曲线”的内插来确定。
6.如果我有几个RPPA数据集，在不同的RPPA分析中在不同的时间执行，我可以将所有的数据合并在一起进行进一步的分析吗?
与任何其他生物测定一样，每个RPPA测定之间存在批次变化。此时，不可能将原始或蛋白质加载标准化值组合。我们正在与计算科学系和生物信息学部门合作，以制定数据合并的方法。但是，在任何情况下，您都应该设计将包含在每个实验中的恒定内部控制，以用于将来的数据合并在未来的RPPA测定中。
我准备好样品，但它们在缓冲区中为我的西方印迹做好了准备。我可以提交这些样本是否为RPPA？
我们鼓励您使用我们的食谱使用裂解缓冲区。然而，我们接受通过蛋白质印迹的方法编制的样品。我们的经验表明，RIPA缓冲器中制备的样品将适用于RPPA。然而，由尿素缓冲液制备的样品将使扩散斑点干扰量化。
8.RPPA样品的最佳蛋白浓度是多少?如果我的样品浓度低于1 ug/ul，你能检测这个样品的RPPA吗?
在SDS变性后，最佳蛋白质浓度应为1ug / UG。我们接受最小浓度为0.50 ug / ul（来自细胞系）的样品和0.75ug / ul（来自组织）。如果样品集中的蛋白质浓度低少量样品，我们建议您不要调整蛋白质浓度对最低的蛋白质浓度。否则，您将失去大部分信号。
9.每个样品需要多少体积的RPPA?
我们现在需要至少80ul每个样品来容纳整个扩张的抗体列表。
10.我是否需要为RPPA准备重复样品?
复制分为生物复制和技术复制两种。请根据您的研究设计副本。我们确实收费复制作为单独的样品。我们使用我们的标准裂解液在不同位置进行多个技术复制。这些复制将作为RPPA中每个抗体的质量控制。我们公布那些通过我们质量控制的抗体的结果，但这取决于你是否选择提交以及提交多少次复制，尽管我们鼓励生物复制，因为技术复制没有真正的好处。
11.我需要选择RPPA抗体吗?
不，每一组抗体都有一组标准的抗体。请参考抗体信息与协议页。您不需要从标准面板中选择抗体，我们将在此列表中进行整个抗体面板，并释放通过质量控制的抗体的结果。
12.如果我感兴趣的蛋白质的抗体在你的列表中不存在，我可以提供一种抗体给你吗?
是的，您可以提供自己的感兴趣的抗体。当您提交样本时，您需要提供50uL抗体以及Western印迹结果（如果适用）。请联系核心以讨论您的抗体，并确定我们以前是否已经运行过。如果我们以前没有运行抗体，我们需要在使用它之前验证。我们将为您提供验证报告，在完成后详细说明其验证状态。因为我们没有您的抗体经验，并且没有优化其对我们的RPPA应用的用途，我们无法保证结果。
费用适用于这些服务。请参考提交，服务和定价详情页面。
13.如果我希望你验证我的抗体，你提供这样的服务吗？
是的。请联系核心以讨论您的抗体。当您提交样本时，您需要在每个频段上提供50ul抗体以及在每个频段上的抗密度测量。我们将为您提供验证报告，在完成后详细说明其验证状态。验证状态将在以下标准上判断：（a）蛋白质印迹的单带，（b）通过化学或基因组方法操纵的特定蛋白质上的可接受的动态范围，（c）Western Blot与Western Blot之间的良好相关性RPPA（R> 0.7），（D）RPPA上可接受的信号/噪声比。我们还将用验证的抗体探测样品。根据我们的标准验证标准，我们只会使用具有“有效”或“有效”或“有效”或“使用”的验证状态的抗体。
费用适用于这些服务。请参考提交，服务和定价详情页面。
14.我有一组组织样本要送去做RPPA分析。你需要从每个样本中提取多少组织?你有从组织中提取蛋白质的协议吗?
是的，我们的经验表明，为处理整个抗体组的RPPA，每个样本大约需要15-20毫克的冷冻组织(大约一粒米的大小)。我们希望您的组织样本在我们的裂解缓冲液中准备好。
15.您是否提供从组织或细胞颗粒中提取蛋白质的服务？
是的。我们提供新鲜冷冻组织和干冷冻细胞颗粒的蛋白质提取。我们此时不接受FFPE样本。我们需要约15-20毫克组织（约米粒的大小），或500万个细胞（最低1000万吨）。
16.我有一组临床样本。我可以提交它们进行RPPA分析吗?
是的。您必须在提交之前删除患者敏感信息，例如医疗记录号，名称等。我们不会接受具有患者敏感信息的样本。
17.我正在提交一份拨款申请和/或涉及RPPA分析的手稿。你有什么资料可以让我在申请资助时参考吗?
是的。请参考教育和引用页。
18.我是MD安德森乐动体育LDsports中国癌症中心的研究员。我应该如何支付RPPA服务?
您需要通过ILAB解决方案完成在线提交流程，并包括有效的采购订单号或填写信用卡授权表。全部付款在收到发票后30天后不到。
19.是否需要验证RPPA的结果吗？
是的。RPPA以一种“屏幕”模式为您提供细胞信号网络的结果。您需要通过其他技术方法验证和确认您的结果。