反相蛋白质阵列(RPPA)核心设施
概述
反相蛋白质阵列(RPPA)核心研究者提供了强大的,高通量的,定量的,高性价比的技术,功能蛋白质组学研究。此外,我们还提供集中式,标准化和质量控制,服务不仅遍及MD安德森,但在世界各地,还有几个国家财团的调查,包括TCGA,CCLE和ICBP。
重要的通知
由于冠状病毒预防措施,RPPA核心将不接受样本(下降或装运),直到进一步通知。我们一直在关注事态的发展,并将在情况发生变化时提供最新情况。谢谢你的理解和安全!
RPPA和功能蛋白组学的优点
RPPA
核心定义了一组标准裂解物,用于每个阵列的数据生成和分析的质量控制(QC)。为了提高量化和质量控制,开发了一套算法和定制软件应用程序。
- 成本有效的:可以通过在信号同时滑动接近测试和定量超过1000个样品A高。
- 敏感:适用于非常小的样品尺寸(纳克蛋白裂解物,检测非特异性蛋白的渺摩尔),小于10个细胞当量。它可以检测并量化在表达水平数百种不同的蛋白质和修改状态在40微克细胞裂解物的。
- 定量:重组蛋白/磷酸肽使蛋白质表达和修饰水平的绝对定量成为可能。
- 简单:不需要裂解物样品的直接标记。
功能蛋白质组学
有复杂的疾病如癌症的研究表明,遗传改变不占所有疾病的原因。在蛋白水平和结构的变化也已显示出在肿瘤发生和发展的关键作用,这是不是遗传的变化反映出来。在癌症中,一些遗传和表观遗传变化往往需要对疾病的发展。研究大型表观遗传改变例如蛋白质磷酸化或切割将理解的原因,并且确定有效的治疗癌症和其他复杂疾病极大地帮助。
我们独特的平台
我们独特的PlatformMD安德森的RPPA核心是科学界的宝贵资源,由于其RPPA管道的各个方面,包括低于其独特的和持续的验证和质量控制:
- 每个样品的系列稀释捕捉要准确的数据分析的线性抗体/抗原反应
- 一个正在进行的和高度严格的抗体验证过程,以选择和保持用于RPPA分析的最高质量的抗体
- 在每张幻灯片上打印48个独特的细胞裂解物作为“锚”,用于控制用于数据生成和分析的质量控制,以及跨不同幻灯片的RPPA数据合并的基于复制的标准化
- 制定,实施,和我们RPPA数据分析而优化的一系列严格的质量控制过程,以提供可靠的数据到客户:空间校正,探测抗体的质量控制,蛋白质加载修正,基于复制-归一化,和抗体的质量的算法批次
- 一个用于RPPA管道过程的自动化程序,用于减少手工劳动、人为错误和客户周转
- 一套用于改进量化和质量控制的算法和定制软件应用程序
方法
RPPA是一种基于抗体的肿瘤组织和培养细胞功能蛋白组学分析方法。RPPA描述了适合系统生物学分析的基础蛋白表达和修饰水平、生长因子‐或配体‐诱导效应和时间分辨响应。它为整合癌症基因变异的后果,验证治疗靶点,论证药物的作用和作用靶点之外的活性,以及评价药物的药效学提供了信息。
核心格兰特引用
这家工厂是由NCI#CA16672资助。出版物应举在确认部分的核心拨款,如果出版物使用由RPPA核心设备产生的数据。出版承认核心补助两个副本也应在1058单位提交的设施。