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我们的大多数实验室协议都基于杰夫·罗森实验室在贝勒医学院。
我们已经将标准单层培养中的标准单层克隆形成试验改编为Dontu等人描述的非粘附性生长因子富集培养中的3D干细胞促进培养，Genes Dev.2003年5月15日；17（10）：1253-70（伍德沃德和布里斯托，萨明辐射公司）。2009年4月；19(2):87-95).
将干细胞促进培养条件纳入克隆形成分析的潜在价值。克隆形成分析是通过消化肿瘤或胰蛋白酶化细胞系来分离单个细胞。
在里面图1，在中心区域（阴影浅粉红色）中突出显示各种单个细胞（多效和终端差异）。在蓝色盒子中突出了来自每种类型的单细胞的可能克隆菌落。左侧是体外菌落，如果培养条件（标准单层）没有促进茎或祖细胞的存活或膨胀，则从细胞中生存辐射产生。在这种情况下，所有菌落将代表电镀/辐射后能够多个切口的分化细胞。这不会提供有关茎/祖群的辐射率的信息。右侧是如果培养条件（3D，无血清，生长因子富集）促进茎或祖细胞和分化细胞的存活或扩展，则在细胞中生存辐射的体外生存辐射的菌落。在这种情况下，菌落将代表镀液/辐射群和茎/祖群的菌落后能够多种散射的分化细胞。基于该模型，仅在促进茎/祖细胞的培养条件下，可以在促进茎/祖细胞的培养条件下或代替分化细胞，测量辐射对茎/祖细胞的影响。