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计算基础设施
基因组数据处理和分析既需要计算的强化和耗时,需要使用良好的配置硬件和工程软件应用程序管道支持计算基础架构。我们一直与MD Anderson和IBM科学家HPCC集团密切合作,并开发了一个自动化的NGS数据处理和分析管道,其能够在原始数据的收集后三天内输出标准化的最终结果。管道一直在为该测序努力供电月亮射击计划™和基因组数据的整合到机构中大数据平台。目前的研究包括与乐动体育LDsports中国IBM科学家的合作,通过元数据的硬件和软件增强和管理来提高管道的吞吐量,以及在基因组材料开始的一周内产生报告的快速轨迹基因组分析系统(与...合作实验治疗部)。
算法和软件开发
在研究基础设施或与各种研究项目中的生物学家/临床医生上工作,我们已经确定了需要开发新的计算方法的领域。乐动体育LDsports中国我们实现了可以轻松部署到MDACC社区中的生产管道或用户的软件应用程序。实验室开发了几种广泛使用的应用程序。我们目前正在处理处理稀有基因组变化的算法/软件,分析来自PDX模型的NGS数据,以及利用个性化参考基因组的可能性来提高对准的准确性。
定制计算数据分析
通过自动化生产管道生成标准化分析结果,我们的计算科学家能够更集中与生物学家/临床医生的互动,以更好地了解利益的生物学或临床问题,并相应地缩减下游分析。我们与整个机构的部门中的教师成员建立了长期合作,并提供了定制的计算支持,其出版物清单中的出色结果很好。