癌症的AGCTs

数据海啸

TCGA的起源，在某种程度上，可以追溯到约翰·韦恩斯坦，医学博士，美国医学博士生物信息学和计算生物学MD安德森。但这几乎没有发生。

它于1991年开始回来时，温斯坦，谁当时在NCI工作，正打算休一天假。这时他想起他的老板在大查房当天讲话。上班是一个偶然的决定，这将导致温斯坦的追求，最终将影响TCGA创建重要数据相关的项目的发展。

温斯坦说:“在他的演讲中，我有了一个想法，促使我的实验室小组率先对NCI-60进行了全面的分子图谱分析。NCI使用60种人类癌细胞系来筛选超过100,000种化合物以及天然产物的抗癌活性。”

他把由这些早期的努力产生的数据超新星爆炸称为“数据海啸”，并把TCGA比作“由病人样本组成的12000平方棋盘”。

“它为我们提供了在其中一个方面制定出基因组游戏规则，并生成有用的，潜在的显著成果，造福癌症患者和他们的家庭，”他说。

这些结果可以为研究人员提供一个新的视角来观察肿瘤是如乐动体育LDsports中国何发展的，并指出新的治疗方法。韦恩斯坦经常被称为“后基因组生物学的先驱”，部分原因是他的另一项发明:密集热图。这些地图让研究人员能够将海量数据中乐动体育LDsports中国的模式可视化，并更快地利用它们。集群热图出现在成千上万的出版物中，而韦恩斯坦的小组现在已经开发出“下一代集群热图(NG-CHMs)”，它可以像谷歌地图一样被放大和导航。NG-CHMs通常用于TCGA中许多不同类型癌症的数据。

如今，TCGA正在研究30多种不同癌症的基因组变化，根据生物信息学和计算生物学助理教授Rehan Akbani博士的说法，MD Anderson是“TCGA每一个疾病工作组的重量级成员和令人自豪的参与者”。

“在MD安德森基因组数据分析中心（GDAC）已成为反相蛋白质阵列的首映提供商（RPPA）为基础的TCGA蛋白质组学数据和分析，以及一批影响分析和数据质量控制，” Akbani说。

批量效果与不同的计算机系统，实验室程序和数据收集方法聚合来自多个机构的数据时发生的由于技术文物的发现和成果。MD安德森与评估批次特效工作，帮助确保全球范围内通过TCGA正在研究的研究机构的数据是准确的，一致的。乐动体育LDsports中国RPPAs涉及同时在数千个样品进行蛋白测定法，允许蛋白表达的测量，以及蛋白质修饰如磷酸化，这开启蛋白酶和关闭。

找到了宝藏

通过大量的数据筛选经常被称为“挖掘”，而科学家们是寻宝者在寻找有价值的掘金，这将导致更好地了解癌症的分子运作的。

MD安德森调查人员在挖掘TCGA数据，并与多个合作伙伴在癌症研究机构的全球合作有显著的成功，作出了关于癌细胞的分子细微差别的重要发现。乐动体育LDsports中国

“MD安德森的研究人员不仅乐动体育LDsports中国已经在领导水平的癌症基因组图谱贡献，帮助确保它的成功，但我们也有参与，并担任已开辟了癌症诊断和新的可能性铅研究者基于TCGA-研究治疗，”说安德森博士的主席罗纳德·德平厚博士“我为这个开创性项目所付出的努力感到骄傲，我知道在未来的许多年里，我们将继续从这些数据中获益。”

大约两个侵袭性癌症启示

生物信息学和计算生物学副教授Roeland Verhaak博士领导了基于TCGA数据的研究调查，揭示了两种侵袭性癌症的惊人发现。乐动体育LDsports中国

今年早些时候，Verhaak公布的一项研究由圣保罗里贝朗普雷图医学院及哥伦比亚大学大学共同领导，暴露了弥散性神经胶质瘤，这是在一些成人脑癌患者中发现新信息的发现。

通过分析TCGA数据，该团队从患者样本中定义了一套完整的神经胶质瘤相关基因，并使用分子图谱来改进疾病分类。他们能够识别分子相关性，并为疾病从低级到高级的进展提供见解。

另一项由密歇根大学的Verhaak和他的同事领导的研究，揭示了关于肾上腺皮质癌(ACC)的重要新发现，这是一种罕见的癌症，通常与不良预后有关。

研究人员乐动体育LDsports中国 - 包括来自39个国际机构 - 来自四大洲91检查ACC肿瘤标本和观察到的“大规模” DNA损失，随后通过全基因组倍增（WGD）。WGD当肿瘤细胞获得他们的整个基因组的额外副本时。研究人员乐动体育LDsports中国发现，WGD与侵略性临床过程相关，这表明它可能是疾病进展的一个标志。他们推测肿瘤的生长速度可以减慢，如果他们能在今后的临床前研究禁止WGD。