利用整合学更好地理解和治疗结直肠癌

安德森的大肠癌Moon Shot™致力于预防和早期发现诊断在美国男性和女性的第三大最常见的癌症，以及改善治疗方法的疾病，预计将导致今年超过50000人死亡。月亮出手的部分Moon Shots Program™这是一项合作努力，旨在加速将科学发现发展为挽救患者生命的临床进展。

杰弗里·莫里斯博士。他和他的同事们正在解决结肠癌和直肠癌的复杂性带来的挑战，这导致了治疗反应和患者生存的主要差异。

“一些癌症有两个或三个非常明确的生物标记物，如果在病人的肿瘤中发现，能够可靠地用于指导治疗，”莫里斯说。“对于许多癌症，这不是那么简单，大肠癌是其中之一。”

Morris正在领导一个项目，通过更清晰地定义结直肠癌(CRC)亚型的分子特征来解决这些复杂性，这将使更个性化和有效的治疗成为可能。这需要对患者样本进行深入分析，并使用一种称为“整合组学”的方法将多个数据集集成到疾病的完整图景中。该方法提供了遗传变异、基因表达和非遗传因素对基因调控的综合分析。

他与癌症前线谈到登月努力杠杆integromics进入临床试验和新疗法，以改善结果的CRC患者。

你能简单介绍一下大肠癌的共识分子亚型的发现及其意义？如何将这些改变大肠癌的传统观点？

任何癌症(包括CRC)的关键问题之一是患者之间的癌症异质性。我们知道，每个患者肿瘤的分子特征是不同的，这些差异可能是患者对特定治疗的反应不平等的主要原因，或者是一些患者的癌症比其他患者更具有侵袭性的主要原因。

再加上几个登月同事，包括Scott Kopetz，医学博士，博士，大卫表示“状态”,博士。,布拉德利扫帚,博士。，我们发起了一个国际结直肠癌亚型联盟，试图建立有助于解释这种异质性的结直肠癌共识亚型。这是一项令人难以置信的合作努力，将22项研究中超过4500名患者的数据与现有亚型系统的信息相结合。通过这次合作，我们确定了四种共识分子亚型(CMS)，并于2015年发表在自然医学．

每个CMS中的患者比由不同的CMS患者更相似，所以这些亚型的鉴定允许我们重新定义病和更精确的方式进行研究。事实上，各亚型的分子特征表明，它有可能为每个CMS个性化治疗，而我们现在的工作，以便更好地了解各亚型为了更有效地对待他们。

什么是“integromics”？什么是这种方法的了解这些亚型的价值？

整合是一个术语，我们用它来描述将许多分子类型和分辨率的信息整合在一起的行为，以揭示对癌症特征的更深层次的知识。

现代生物医学研究产生分子数据的不同分乐动体育LDsports中国辨率等级繁多，从DNA到RNA向蛋白质。在每一个层面上，我们也获得后生数据，包括甲基化，组蛋白修饰和小RNA，与环境因素，如微生物一起。每个这些数据源提供底层生物学上的特定信息，但仅仅是整个画面的一部分。只有通过整合一起，我们可以希望得到癌症及其亚型背后的关键机制的全貌。

我们希望此深分子特性将使患者应对现有疗法的子集的识别和增强的CMS-具体新的治疗靶点的发现和开发。

大肠癌登月计划是如何使用整合技术来改善病人护理的?

我们主要利用两个多平台基因组学数据来源——来自癌症基因组图谱(TCGA)的公开数据和来自数百名我们自己的CRC患者的内部数据。在MD Anderson，我们有独特的机会访问和分析这两大数据集，使我们能够更好地理解CRC生物学。

我们的团队克服了重大的数据管理挑战，并开发了创新的统计方法，以追求这一目标。几年前，对于这些类型的综合分析，实际上还没有确定的统计方法，而MD Anderson生物统计学和生物信息学研究小组在开发这些工具方面发挥了领导作用。乐动体育LDsports中国

利用我们通过整合学到的知识，我们现在与内部合作者合作，由Dipen丸。,拉贾Luthra博士。，以部署临床分析，以更好地将患者的肿瘤分类为特定的CMS。因此，我们希望通过整合方法来了解肿瘤的基本信息，从而帮助指导治疗性发现的过程。

你能描述一下你的团队正在进行的临床试验吗?

为了在临床应用CMS，有必要进行临床分析，将患者的肿瘤分为四种CMS之一。《自然·医学》杂志的原始论文报道了CMS分类器，但它需要新鲜冷冻的组织和近6000个基因的测量，这是不可行的临床应用。

我们的登月团队进行了广泛的工作，以开发一种改进的CMS分类器，并将其应用于临床。我们首先对潜在的分类方法进行了广泛的调查，以构建比以前报道的更有效的CMS分类器。我们还希望我们的分析方法对临床中常见的福尔马林固定石蜡包埋样品有用。我们开发了一种可以用于任何一种样本类型的分析方法，只需要对100个基因进行分析。

目前，我们正在经历CLIA认证，为这个分类，因此它可以在临床上使用。我们也试图完善这一分类与转移性样品的使用和建造更多相关患者衍生的异种移植（PDX）模型。

您的团队如何在这些亚型的背景下评估新的和现有的治疗方法，以确定和优化每个亚组患者的最佳治疗方法?

正如我提到的，这四种CMS有不同的分子特征，我们希望找到针对这些特征的现有或新的治疗方法。这将使我们能够对CRC进行基于cms的精准治疗，有可能极大地改善患者的预后。

我们已经采取了多模式方法，并从事一些登月平台，包括研究所应用癌症科学（IACS）和中心联合临床试验，工作对发展，并与特定CMS相关测试的治疗靶点。

首先，我们试图分类患者通过CMS现有的临床试验，以评估其是否亚型是预测对治疗的反应。我们也有临床前研究，正在通过国际船级社协会调查正在开发一些新的治疗方法。

其次，我们正在使用慢病毒和CRISPR筛选来确定潜在的cms特异性治疗靶点，这也涉及到cms特异性临床前模型的开发，包括可用于这些筛选的PDXs。

最后，我们已经开始使用临床分类器来丰富特定CMS患者的研究，我们正在评估其他已完成和正在进行的随机研究，以了解CMS如何预测新疗法的活性。

我们正在整合来自患者样本的整合分析的信息，以帮助指导这一过程，我们希望这一策略能够导致目标发现，并在临床应用中具有最大的成功潜力。“登月计划”的资金支持使我们高度整合的合作得以实现，并加速了进展，使这些突破性的发现成为可能。