2014年8月06日
大多忽视,假可以帮助我们理解生物标志物
由罗恩·吉尔摩
唉,吃力不讨好的假。
这些基因的“穷亲戚”功能失调、不受喜爱、似乎毫无用处,已经失去了蛋白质编码能力。它们含有对生物体的生存没有必要的物质,是清除基因组废物的“最后一站”。
没有任何更多。多亏了MD安德森癌症中心的科学家们,假基因的日子终于到来了。
韩亮,博士他是哈佛大学的助理教授生物信息学和计算生物学正在推进对这些很大程度上被忽视但越来越有吸引力的基因异常的了解。他和他的团队完成了一项研究,在代表7种癌症类型的2808例患者样本中生成了假基因表达谱。这意味着要分析3780亿个RNA序列,以测量近10000个假基因的表达水平。
研究结果表明,通过帮助医学专家发现新的生物标志物,伪基因表达分析科学可能在解释癌症如何发生方面发挥关键作用。该研究结果发表在最近一期的自然通讯.
生物标志物的理解是用于开发针对特定的肿瘤部位的治疗和获得新的洞察患者将如何与各种癌症和治疗票价重要。生物标志物是分子能够指示的病症或疾病的存在,并且越来越多地被用来测量身体如何响应治疗。个性化医疗的新兴领域是建立在基于生物标志物的患者定制治疗。
梁的研究是新颖的,因为了解假基因依赖于分析大量的病人样本。以往的研究受到患者样本组规模的限制。梁的团队分析了癌症基因组图谱研究项目提供的数据。乐动体育LDsports中国该程序由国家癌症研究所和美国国家人类基因组研究所乐动体育LDsports中国在国立卫生研究院他正在研究20多种不同类型癌症的基因组变化。
“这项研究调查了7个癌症亚型包括乳腺癌,肾癌,卵巢癌,结直肠癌,肺癌和子宫,”梁说。“在整个的癌症类型,由假基因表达揭示了肿瘤亚型显示广泛和很强的相似与由其它分子数据定义亚型。”
Liang认为,这项研究强调了伪基因表达分析作为研究癌症机制和发现预后生物标志物的新“金标准”的潜力。这些生物标记将使医学专家更准确地预测癌症存活率。
“单独假基因表达可以准确地分类子宫内膜癌的主要亚型,”亮表示。“引人注目的是,在肾癌的假表达亚型不仅显著关联在一起病人的生存,也有助于患者分层与临床变量的组合。”
其他合作机构包括贝勒医学院和德克萨斯大学健康科学中心公共卫生学院,都在休斯顿。
这项研究是由美国国立卫生研究院(NIH)(CA143883,CA016672),美国国立卫生研究院/ MD安德森子宫SPORE职业发展奖,和洛林戴尔计划在生物信息学的癌症医学的个性化由迈克尔和苏珊·戴尔基金会的资助资助.