新的软件工具识别影响疾病风险基因突变
2014年5月30日,安德森新闻发布
独特的、健壮的方法使用家庭数据找到突变对常见和罕见疾病
MD安德森新闻稿05/30/14
乐动体育LDsports中国德克萨斯大学MD安德森癌症中心的研究人员和其他机构申请了一个新开发的软件工具来识别基因突变导致一个人的风险增加发展中常见的复杂疾病,如癌症。该研究发乐动体育LDsports中国表在2014年5月版的《自然生物科技》期刊上。
技术,称为pVAAST(血统变异注释、分析和搜索工具),结合两种不同的统计方法用于确定致病基因突变。这种组合方法优于个人家族分析方法通过增加力量和速度突变的识别,通过研究设计和分析,减少并发症。
“这个方法能使你更快,更有效的识别和验证的基因变异影响疾病风险,“乍得发怒,博士,MD安德森的流行病学教授。“这最终将使临床实验室设计基因测试,提供更好的预测一个人的个体罹患癌症的风险。”
pVAAST工具结合了两种常用的疾病基因识别方法,连锁分析和关联测试。连锁分析追踪遗传基因突变的家庭来识别可能的因果变异。协会测试比较无关的个人与特定疾病健康个体寻找一组中的一个常见变异。
“连锁分析和关联测试最初设计用于稀疏的遗传标记可以从早期的基因分型技术,”该研究的第一作者说,内科医师,博士,博士后在MD安德森的流行病学。“pVAAST集成这两种方法,对于下一代DNA测序数据,重新改了,是遗传学研究的先进的技术。乐动体育LDsports中国它填补了一个真正的分子技术差距和计算工具在家族病的研究。”
乐动体育LDsports中国研究人员还结合优先级功能变体进入工具,预测是否一个特定的突变是有害的。
在这个研究中,pVAAST分析数据来识别三种疾病的遗传原因;肠病——肠道慢性炎症,心脏间隔缺损和米勒综合征-发育缺陷的脸和多个四肢。该工具能够识别的突变导致这些疾病从DNA数据从一个家庭。在心脏间隔缺损和米勒综合征家庭,随意突变之前被确认,结果作为证据的概念。肠病家庭,家庭中的因果变异分析之前是未知的。
此外,研究者pVAAST和乐动体育LDsports中国其他三名统计方法应用于遗传疾病的三种模式:主导,一个叛逃的副本基因遗传自父母;隐性的,这个基因的两个副本都必须有缺陷;或引起的占主导地位的新突变不是继承自父母。在每种情况下,pVAAST所需样本量的一小部分的家庭来检测疾病风险的其他方法。
“对大部分罕见病是具有挑战性的收集DNA样本来自多个病人,”赫夫说。“这使得它基本能够把亲戚在研究提高成功率。”
在这项研究中,使用多种统计方法的结合方法增加结果的力量和减少分析的复杂性。“这提供了一个通向识别基因变异,影响开发特定癌症的风险,”赫夫说。
许多正在进行的基因研究招募患者癌症家族史的搜索遗传突变,增加罹患癌症的风险。赫夫说,这个工具将允许研究人员分析了来自这些家庭的序列数据来识乐动体育LDsports中国别基因变异最可能负责癌症在家庭的历史。
赫夫说前进的主要关注软件将会发现新的癌症易感基因。在癌症中发表的另一篇论文发现,软件被用来支持RINT1的发现作为一个新的乳腺癌易感基因。
“潜在癌症易感基因的识别只是第一步,和多年的需要额外的研究来描述这些变异最终建立的程度影响患癌症的风险,”赫夫说。乐动体育LDsports中国
合著者发怒和第一作者胡商羯罗查尔雅,博士,和保罗·Scheet博士的MD安德森;贾里德·罗奇博士Gustavo Glusman博士罗伯特•Hubley博士,博士,香港Li Leroy Hood,博士,所有的系统生物学研究所;马克·扬德尔博士,希拉里·库恩博士,医学博士斯蒂芬•Guthery吴,肖恩Tavtigian博士威尔弗雷德,医学博士博士,博士,Lynn Jorde巴里·摩尔和卡尔Voelkerding医学博士,所有的犹他大学;Shuoguo Wang博士和金川兴,博士,罗格斯大学,新泽西州州立大学;丽贝卡Margraf博士雅各Durtschi,奥雅纳临床与实验病理学研究所;Vidu Garg医学博士俄亥俄州立大学的;大学的David联欢会,博士,卢森堡;迪帕克斯利瓦斯塔瓦,医学博士, of Gladstone Institute of Cardiovascular Disease and the University of California; and Martin Reese, Ph.D., of Omicia, Inc.
这项工作是由美国国立卫生研究院(NIH) (R01 GM104390), (R01 DK091374)和(R01 CA164138)以及卢森堡大学系统生物学研究所的项目。HH被安德森的奥德赛项目支持。JX是由美国国立卫生研究院(R00HG005846)。计算机时间的分配在安德森的研究计算高性能计算(HPC)设施。乐动体育LDsports中国