新的TCGA项目发现患有肿瘤类型共享的癌症驱动变化
MD安德森新闻发布2013年9月26日
泛癌倡议看起来横跨器官现场研究筒仓统称疾病乐动体育LDsports中国
MD安德森新闻室09/26/13
休斯顿 - 癌症基因组阿特拉斯，一种巨大的合作努力，跟踪12种不同器官中患有癌症的基因组异常，目前正在指导其研究火力来检查这些像差如何发生在肿瘤类型中的常见发生。乐动体育LDsports中国
Scientists aligned with The Cancer Genome Atlas (TCGA), a joint project of the National Cancer Institute and the National Human Genome Research Institute, describe the TCGA’s Pan-Cancer Initiative and report first research findings in two papers and two commentaries today in the journal Nature Genetics.
“随着TCGA在这12种癌症类型中发现了癌症的基因组驱动因素，现在泛癌症项目将识别各种癌症中分子异常的共同模式。这将帮助我们将一种疾病的发现应用到另一种疾病，”德克萨斯大学安德森癌症中心计算生物学和生物信息学主席约翰·温斯坦博士说。温斯坦是《自然-遗传学》杂志的一篇评论文章的合著者，该文章描述了泛癌症分析计划。
韦恩斯坦说:“这项研究的一个更令人兴奋的可能性是，我们可以采取对一种肿瘤有效的疗法，例如H乐动体育LDsports中国ER2阳性乳腺癌的HER2蛋白抑制剂，并检查它们在我们现在知道也有这种突变或过表达这种蛋白的其他癌症类型的有效性。”恶性胶质瘤、子宫内膜癌、胃癌、膀胱癌和肺癌的患者组均发现HER2异常。
泛癌分析还可以帮助研究人员识别受特定基因组异常影响的小群体患者，这些乐动体育LDsports中国患者可能在单癌研究中被忽略，但在更大的跨癌研究中出现。温斯坦说:“这将所有的研究放在一起，而不是仅仅依靠对这种或那种癌症类型的零散研究。”
穿过筒仓
作者注意到，直到最近的癌症护理和研究一直被肿瘤类型淤泥，这是有道理的，“但分子分析的结果现在呼吁这一观点。乐动体育LDsports中国”不同器官的癌症有许多共同的特征，同时，来自同一器官的癌症往往是完全不同的。
同一器官燃料患者肿瘤中癌细胞的基因组多样性抗治疗和癌症进展。
为了解决这一问题，TCGA于2012年10月启动了泛癌症分析项目。从TCGA项目中收集了6个不同类型的基因组和表观基因组研究平台的数据，共计5074个肿瘤样本。乐动体育LDsports中国
原发癌症包括多形性胶质母细胞瘤、急性髓系白血病、头颈部和肺部鳞状细胞癌;乳腺癌、肺癌、肾癌、卵巢癌、膀胱癌、结肠癌、直肠癌、子宫颈癌和子宫内膜癌——这些癌症形成于排列或覆盖器官的上皮组织中。腺癌占所有实体瘤的80%以上。
论文发现新的基因复制改变，30个肿瘤亚类
两种自然遗传学研究论文，由其他机构的科学家，从泛乐动体育LDsports中国癌数据集和3,299颗肿瘤中检查了4,934个肿瘤中的基因拷贝缺失或扩增模式。
第一篇论文鉴定了140个重复拷贝数改变的基因组区域，其中102个区域没有已知的致癌基因或抑癌基因靶点，50个区域的基因发生了显著突变。
第二篇论文通过基因组和表观基因组特征对肿瘤进行了分层，发现了两大类肿瘤，一类是由突变驱动的，另一类主要是由基因拷贝改变驱动的。他们还发现，癌症促进基因标记识别出30个独立于组织来源的肿瘤亚类。
虽然不同类型的癌症有相同的基因组改变，但众所周知，蛋白质活性和聚集是受组织类型影响的。通过分析12种癌症，研究人员预计单个组织效应将消失乐动体育LDsports中国，暴露出组织独立的活动。
更多的来
Weinstein是评论的第一个作者在上市后的癌症基因组阿特拉斯研究网络，代表数百科学家，作为第一作者。乐动体育LDsports中国去rdon Mills, M.D., Ph.D., chair of Systems Biology, and Kenna Shaw, Ph.D., executive director of the Sheikh Khalifa Bin Zayed Al Nahyan Institute for Personalized Cancer Therapy (IPCT) are the other MD Anderson co-authors.
Mills参与了12个针对单个肿瘤类型的TCGA项目中的11个。他还领导或共同领导了一些打破竖井的研究项目，包括一个Stand Up to Cancer Dream T乐动体育LDsports中国eam，研究子宫内膜癌、乳腺癌和卵巢癌中的PI3K通路，以及MD Anderson的一个月射检查三阴性乳腺癌和高级别浆液性卵巢癌。他是IPCT的联合主任。
担任TCGA计划办公室主任后，Shaw于2013年来到MD安德森。
《自然-遗传学》的第二篇评论包括MD Anderson合著者袁媛(研究生)和韩亮(助理教授)博士，他们都是计算生物学和生物信息学专家。他们的论文描述了用于对12种肿瘤类型进行综合分析的软件平台。
Weinstein表示，TCGA研究人员在管道中有大约80个泛癌文件。乐动体育LDsports中国并且工作继续对个体癌症类型 - Weinstein是出版管道中膀胱癌分析的高级作者。
这篇评论文章列出了十几个可以通过泛癌症分析解决的问题。必要的随访将包括功能性研究，以确定确定的基因组异常如何实际影响癌症。加州大学圣克鲁兹分校生物分子工程系的Josh Stuart博士是这篇评论的通讯作者。
“还有很多事情要做，”温斯坦说。“我们现在可以从这些结果中汲取一定量的信息和知识。随着时间的推移，特定癌症类型的信息学家和专家将利用这些数据产生重要的假设——以及对癌症患者及其家人有益的重要结论，这些数据的真正价值将逐渐体现出来。”