肯·陈,博士。
生物资讯及计算生物学系,基础科学部
关于陈竺
他在清华大学(北京)获得学士学位,在伊利诺伊大学厄巴纳-香槟分校获得博士学位,在加州大学圣地亚哥分校获得博士后培训。从2005年到2011年,他在圣路易斯华盛顿大学医学院担任高级科学家和研究教员。乐动体育LDsports中国拥有机器学习、统计信号处理和癌症基因组学的背景,他的主要目标是开发计算工具来分析和解释人类基因组学和临床数据,以实现基因组医学。陈博士设计、开发和合作开发了一系列计算工具,如BreakDancer、TIGRA、CREST、BreakTrans、BreakFusion、PolyScan、SomaticSniper、VarScan已被广泛应用于各种大规模的下一代测序项目,如癌症基因组图谱(TCGA)和1000个基因组项目中,以描述个体和群体基因组学。他尤其感兴趣的是全面和准确地构建各种癌细胞群的基因组和转录组,以理解遗传和环境导致的癌症的异质性和进化。他还对开发识别生物标志物的综合方法感兴趣,这对诊断和预后是有用的。关于他的研究小组的更多信息可以找到乐动体育LDsports中国这里.
目前职务及工作关系
主要约会
德克萨斯大学安德森癌症中心生物信息学与计算生物学副教授,数量科学部,德克萨斯大学安德森癌症中心
谢赫·哈利法·本·扎耶德·阿勒·纳哈扬癌症个性化治疗研究所生物信息学主任,休斯顿,德克萨斯州
双/共同/兼职的约会
德克萨斯大学健康科学中心生物医学科学研究生院常任成员
莱斯大学计算机科学系兼职教员,休斯顿,德克萨斯州
教育和培训
授予学位教育
2004 | 伊利诺伊大学香槟分校,美国伊利诺斯州,博士,电气与计算机工程 |
1996 | 清华大学,北京,中国,BE,精密仪器 |
研究生培训
2004 - 2005 | 乐动体育LDsports中国加州大学圣地亚哥分校生物化学与生物物理学研究员 |
体验和服务
学术任命
德克萨斯大学安德森癌症中心定量科学部助理教授,德克萨斯州休斯顿,2011 - 2016
乐动体育LDsports中国2009 - 2011年,密苏里州圣路易斯华盛顿大学遗传学系研究指导老师
其他的约会/责任
2005 - 2011年,密苏里州圣路易斯华盛顿大学医学院基因组研究所高级科学家
微软亚洲研究院实习生,北京,2001乐动体育LDsports中国 - 2001
荣誉与奖励
2016 | 安德鲁·萨宾家庭研究员 |
2016 | 提名,罗伯特M.张伯伦杰出导师奖 |
2014 | ICGC-TCGA Dream中最佳表演者8.5躯体突变呼唤挑战,DreamChallenge.org |
2003 | Phi Kappa Phi,来自伊利诺伊大学香槟分校 |
专业会员资格
美国癌症研究协会乐动体育LDsports中国
积极成员,2012年 - 至今
国际计算生物学学会
会员,2011年 - 至今
电机和电子工程师协会
高级成员,2009 -至今
选定的出版物
同行评议的文章
- 王芳,王强,Mohanty V,梁森,窦杰,韩杰,Minussi DC,高锐,丁磊,Navin N,陈K.单细胞拷贝数谱系追踪使基因发现成为可能。中国生物医学工程学报(英文版)e-Pub 2021。PMID: 33622385。
- Lee JJ, Kopetz S, Vilar E, Shen JP,陈K,Maitra一.SARS-CoV-2进入基因在下消化道肠上皮细胞中的相对丰度基因(巴塞尔)11(6),2020。e-Pub 2020。PMID: 32545271。
- 梁森,梁强,陈荣,陈K.分层试验减轻了单细胞数据中的批处理效应。计算机科学课堂讲稿,2020。
- 梁生,王飞,韩杰,陈K.从单细胞RNA-seq数据推断潜在周期过程。Nat commen 11(1): 1441,2020。e-Pub 2020。PMID: 32188848。
- Li Y, Roberts ND, Wala JA, Shapira O, Schumacher SE, Kumar K, Khurana E, Waszak S, Korbel JO, Haber JE, Imielinski M, PCAWG Structural Variation Working Group, Weischenfeldt J, Beroukhim R, Campbell PJ, PCAWG Consortium.人癌基因组体细胞结构变异的模式。自然578(7793):112-121,2020。E-PUB 2020. PMID:32025012。
- Liang Q, Dharmat R, Owen L, Shakoor A, Li Y, Kim S, Vitale A, Kim I, Morgan D, Liang S, Wu N,陈K, DeAngelis MM,陈锐.人类视网膜组织上的单核rna序列提供了改进的转录组分析。Nat commen 10(1):5743, 2019。e-Pub 2019。PMID: 31848347。
- Wang F, Liang S, Kumar T, Navin N,陈K.SCMarker:用于单细胞转录组分析的从头算标记选择。PLoS compput bio15 (10):e1007445, 2019。e-Pub 2019。PMID: 31658262。
- 黄克,Mashl rj,吴y,ritter di,wangj,ohc,paczkowska m,reynolds s,wyczalkowski ma,oak n,scott广告,krassowski m,cherniack广告,Houlahan ke,Jayasinghe R,王LB,周DC,刘德,曹s,金yw,koire a,mcmichael jf,hcucthowder v,kim tb,哈恩a,王c,mclellan md,al-mulla f,johnson kj,癌症基因组图集研究网络,Lichtarge o,Boutros PC乐动体育LDsports中国,Raphael B,Lazar Aj,张W,Wendl MC,Govindan R,Jain S,Wheeler D,Kulkarni S,DipleSio JF,Reimand J,Meric-Bernstam F,陈K, Shmulevich I, Plon SE,陈芳,丁磊.10389例成人癌症的致病性种系变异细胞173(2):355 - 370。e14灯头,2018年。PMID: 29625052。
- 贝利MH, Tokheim C, Porta-Pardo E,森古普塔年代,伯特兰D, Weerasinghe, Colaprico, Wendl MC,金正日J,里尔登B, Ng PK, Jeong KJ,曹年代,王Z,高,高Q,王F,刘EM, Mularoni L, Rubio-Perez C,纳N, Cortes-Ciriano我,周,梁WW,赫斯JM, Yellapantula VD, Tamborero D, Gonzalez-Perez, Suphavilai C, Ko司法院,Khurana E,Park PJ, Van Allen EM, Liang H, MC3 Working Group, Cancer Genome Atlas 乐动体育LDsports中国Research Network, Lawrence MS, Godzik A, Lopez-Bigas N, Stuart J, Wheeler D, Getz G,陈K, Lazar AJ, Mills GB, Karchin R, Ding L.癌症驱动基因和突变的综合表征。细胞173(2):371 - 385。e18, 2018年。PMID: 29625053。
- 布朗Thorsson V,吉布斯DL, SD,狼D, Bortone DS, Ou杨TH, Porta-Pardo E,高的女朋友,Plaisier CL,艾迪JA,齐夫E Culhane AC, Paull EO, Sivakumar IKA,抚慰着AJ, Malhotra R, Farshidfar F, Colaprico,帕克JS,摩斯勒,签证官NS,刘,刘Y,雷德J, Dhankani V,雷诺兹SM,鲍比R, Califano, Cherniack广告,Anastassiou D, Bedognetti D,饶,陈KKrasnitz A, Hu H, Malta TM, Noushmehr H, Pedamallu CS, Bullman S, Ojesina AI, Lamb A, Zhou W, Shen H, Choueiri TK, Weinstein JN, Guinney J, Saltz J, Holt RA, Rabkin CE, Cancer Genome Atlas Re乐动体育LDsports中国search Network, Lazar AJ, serdy J, Demicco EG, Disis ML, Vincent BG, Shmulevich L ..癌症的免疫景观。免疫48(4):812-830.E14,2018。E-PUB 2018. PMID:29628290。
- Zafar H, Tzen A, Navin N,陈K,等我.SiFit:从有限位点模型下的单细胞测序数据推断肿瘤树。基因组生物学18(1):178,2017。e-Pub 2017。PMID: 28927434。
- Liu P, Yuan B, Carvalho CM, Wuster A, Walter K, Zhang L, Gambin T, Chong Z, Campbell IM, Coban Akdemir Z, Gelowani V, Writzl K, Bacino CA, Lindsay SJ, Withers M, Gonzaga-Jauregui C, Wiszniewska J, Scull J, Stankiewicz P, Jhangiani SN, Muzny DM, Zhang F,陈KSmith J, Breman A, Shaw CA, Patel A, Hurles ME, Lupski JR .等.限制早期人类发展的一种生物CNV突变表型。细胞168(5):830 - 842。e7, 2017年。PMID: 28235197。
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- 曾耀华,Dogruluk T, Tedeschi PM, Wardwell-Ozgo J, Lu H, Espitia M, Nair N, Minelli R, Chong Z, Chen F, Chang QE, Dennison JB, Dogruluk A, Li M, Ying H, Bertino JR, Gingras MC, Ittmann M, Kerrigan J,陈K, Creighton CJ, Eterovic K, Mills GB, Scott KL.罕见胰腺癌基因畸变驱动因子的功能注释。Nat commen 7:10500, 2016。e-Pub 2016。PMID: 26806015。
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- 陈K赵,Meric-Bernstam F, H,张问,Ezzeddine N,唐LY,气Y,毛Y,陈T,庄Z,周W,郑X,约翰逊,Aldape KD, Routbort MJ, Luthra R, Kopetz年代,戴维斯,de Groot J,腐朽,Vinod R, Farhangfar CJ,肖公里,Mendelsohn J,米尔斯GB, Eterovic正义与发展党.通过深度靶向固体瘤测序增强了临床可行性。Clin Chem 61(3):544-53,2015。E-Pub 2015. PMID:25626406。
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- Ding L, Ley T, Larson DE, Miller CA, Koboldt DC, Welch JS, Ritchey JK, Young MA, Lamprecht T, McLellan MD, McMichael JF, Wallis J, Lu C, Shen D, Harris CC, Dooling DJ, Fulton RS, Fulton LL,陈K、Schmidt H、Kalicki-Veizer J、Magrini V、Cook L、McGrath SD、Vickery TL、Wendi MC、Heath S、Watson MA、Link DC、Tomasson MH、Shannon WD、Payton JE、Kulkarni S、Westervelt P、Walter MJ、Graubert TA、Mardis E、Wilson R和Dipersio JF.全基因组测序揭示复发急性髓性白血病的克隆演变。自然481,2012. E-PUB 2012. PMID:22237025。
- Mills, Walter K, Stewart C, Handsaker,陈K,Alkan C,Abyzov A,Yoon Sc,Ye K,Cheetham Rk,Chinwalla A,Conrad DF,Fu Y,Grubert F,Hajirasouliha I,Hormozdiari F,Iakoucheva LM,IQBAL Z,Kang S,Kidd Jm,Konkel Mk,KornJ,Khurana E,Kural D,Lam Hy,Leng J,Li R,Li Y,Lin Cy,Luo R,Mu Xj,Nemesh J,Peckham He,Rausch T,Scally A,Shi X,Stromberg MP,Stütz,城市AE,Walker Ja,Wu J,Zhang Y,Zhang Zd,Batzer Ma,Ding L,Marth Gt,McVean G,Sebat J,Snyder M,Wang J,Ye K,Eichler EE,Gerstein MB,扼杀我,李C,McCarroll SA,Korbel Jo,1000个基因组项目.通过群体规模的基因组测序绘制拷贝数变异。自然470(7332):59 - 65,2011。PMID: 21293372。
- 1000个基因组项目联盟.从人口规模的测序,人类基因组变异的地图。自然467(7319):1061 - 73年,2010年。PMID: 20981092。
- Koboldt直流,陈K, Wylie T, Larson DE, McLellan MD, Mardis ER, Weinstock GM, Wilson RK, Ding L.Varscan:在个体和池样的大规模平行测序中的变体检测。生物信息学25(17):2283-5,2009. E-PUB 2009. PMID:19542151。
- 陈K, Wallis JW, McLellan MD, Larson DE, Kalicki JM, Pohl CS, McGrath SD, Wendl MC, Zhang Q, Locke DP, Shi X, Fulton RS, Ley TJ, Wilson RK, Ding L, Mardis ER.霹雳舞:一种基因组结构变异的高分辨率绘图算法。Nat Methods 6(9):677- 81,2009。e-Pub 2009。PMID: 19668202。
- Ley TJ, Mardis ER, Ding L, Fulton B, McLellan MD,陈KDooling D Dunford-Shore BH,麦格拉思年代,Hickenbotham M,库克L,雅培R,拉尔森DE, Koboldt,波尔C,史密斯,霍金斯,阿博特年代,洛克D, Hillier LW,矿工T,富尔顿L, Magrini V,威利T, Glasscock J,论文康耶斯J,桑德N, X,奥斯本小,风骚女子P,戈登•D Chinwalla,赵Y,里斯,佩顿我,韦斯特维尔特介绍P, Tomasson MH,沃森M,Baty J, Ivanovich J, Heath S, Shannon WD, Nagarajan R, Walter MJ, Link DC, Graubert TA, DiPersio JF, Wilson RK.细胞遗传学正常的急性髓系白血病基因组的DNA测序。自然456(7218):66 - 72年,2008年。PMID: 18987736。
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- 王毅,Waters J,梁美玲,Unruh A, Roh W, Shi X,陈K(1)张浩,赵瑞,张海峰,张海峰,张海峰,张海峰.单核基因组测序揭示乳腺癌的克隆进化。大自然。e-Pub 2014。PMID: 25079324。
- 周伟,陈涛,赵辉,Eterovic AK, Meric-Bernstam F, Mills GB,陈K.在超深测序实验中去除读重复的偏差。生物信息学。e-Pub 2014。PMID: 24389657。
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- Miao Q, Wang F, Dou J, Iqbal R, Muftuoglu M, Basar R, Li L, Rezvani K,陈K.CyTOF数据的从头溢出补偿。A. e-Pub 2020。PMID: 33342071。
- 大刀M, Basar R, Gokdemir E, Baran N, Uprety N, Nunez议会AK, Mendt M, Kerbauy LN, Banerjee PP、埃尔南德斯Sanabria M, Imahashi N, L, Lim FLWIL, Fathi M, Rezvan,莫汉蒂V,沈Y, Shaim H,陆J, Ozcan G, Ensley EL,卡普兰M, Nandivada V, Bdiwi M, Acharya年代,Xi Y, Wan X,麦DH,刘E,江泽民XR,盎年代,Muniz-Feliciano L,李Y,王J,Kordasti S, Petrov N, Varadarajan N, Marin D, Brunetti L, Skinner RJ, Lyu S, Silva L, Turk R, Schubert MS, Rettig GR, McNeill MS, Kurgan G, Behlke MA, Li H, fowkes NW,陈K,Konopleva M,Champlin R,Shpall EJ,Rezvani K..靶向细胞因子检查点可以提高装甲脐带血CAR-NK细胞的适应度。血。e-Pub 2020。PMID: 32902645。
- Zafar H, Navin N,陈K,等我.从单细胞基因组测序数据中对肿瘤克隆的种群结构、基因型和系统发育进行贝叶斯推断。Genome res e-Pub 2019。PMID: 31628257。
- Wang F, Zhang S, Kim TB, Lin YY, Iqbal R, Wang Z, Mohanty V, Sircar K, Karam JA, Wendl MC, Meric-Bernstam F, Weinstein JN, Ding L, Mills GB,陈K.整合转录组-基因组工具Texomer描绘癌症组织。Nat方法。e-Pub 2019。PMID: 30988467。
- Wang Z, Kim TB, Peng B, Karam JA, Creighton CJ, Joon AY, Kawakami F, Trevisan P, Jonasch E, Chow CW, Rodriguez-Canales J, Tamboli P, Tannir NM, Wood CG, Monzon FA, Baggerly KA, Varella-Garcia M, Czerniak B, Wistuba II, Mills GB, Shaw K,陈KSircar K.肉瘤样肾细胞癌具有独特的分子发病机制、驱动突变谱和转录景观。Clin Cancer res e-Pub 2017。PMID: 28710314。
- Fan X, Chaisson M, Nakhleh L,陈K.HySA:一种使用新一代单分子测序技术的混合结构变体组装方法。Genome res e-Pub 2017。PMID: 28104618。
邀请的文章
- Zafar H, Navi N, Nakhleh L和陈K.从单细胞基因组数据推断肿瘤演化的计算方法。Current Opinion on Systems Biology 7:16-25, 2018。
- Navin不陈K.从单细胞数据中克隆肿瘤基因分型。Nat Methods 13(7):555-6, 2016。PMID: 27355792。
拨款及合同支持
标题: | 在癌症基因组中描绘异质结构复杂性 |
资金来源: | NIH / NCI |
角色: | 首席研究员 |
标题: | 1000个基因组计划(U41)结构变异的综合分析 |
资金来源: | NIH/NCI(杰克逊实验室次级奖) |
角色: | 校长Investigator-MDACC |
标题: | 用于联合细胞类型识别的泛组学单细胞数据集成 |
资金来源: | 陈扎克伯格倡议 |
角色: | 首席研究员 |