
Wenyi王博士。
生物信息学与计算生物学系,基础科学部
关于王博士
王文义教授是一位大数据科学家,具有统计学和生物学的学术背景。她的主要兴趣在于利用数据争论来理解癌症多组学产生的大数据。她的实验室的统计方法和工具开发是数据驱动的,并以解决重要和新颖的生物学问题为动力。
她的实验室网站是:https://odin.mdacc.tmc.edu/~wwang7/.
目前职务及所属单位
主要的约会
德克萨斯大学安德森癌症中心定量科学部生物信息学和计算生物学系教授
双/共同/兼职的约会
德克萨斯大学安德森癌症中心生物统计学系定量科学部教授
德州农工大学统计学系教授
乐动体育LDsports中国研究兴趣
实验室目前主要研究方向为:乐动体育LDsports中国
1) 利用转录组和基因组数据(inter-gromics)的计算反褶积,从大样本和单细胞测序数据中分析肿瘤异质性和进化。我们的目标是了解a)可能导致不同预后或治疗反应的肿瘤微环境,b)正常组织中细胞间相互作用的分子机制。
2)个性化癌症风险预测模型,以TP53突变相关Li-Fraumeni综合征作为疾病模型;以及新的统计模型和研究设计,以进一步了解TP53突变对泛癌症的影响。
实验室根据需要使用统计/计算工具箱,包括深度学习方法。我们目前的重点是高维数据中的混合建模和机器学习。
教育和培训
授予学位教育
2007 | 约翰霍普金斯大学彭博公共卫生学院,美国巴尔的摩医学博士,生物统计学博士 |
2003 | 哥伦比亚大学内科医生和外科医生学院,纽约市,美国,马萨诸塞州,人类营养 |
2001 | 复旦大学生物学学士 |
体验和服务
行政任命/责任
2018-2020年德克萨斯州休斯顿市GSBS招生委员会成员
德克萨斯大学休斯顿分校生物医学科学研究生院定量科学项目联合主任,德克萨斯州休斯顿,2014 - 2018年
其他任命/职责
贝勒医学院定量计算生物学研究生项目教员,休斯顿,德克萨斯州,2017年至今
选定的出版物
同行评议的文章
- Gao F, Pan X, Dodd-Eaton EB, Recio CV, Montierth MD, Bojadzieva J, Mai PL, Zelley K, Johnson VE, Braun D, Nichols KE, Garber JE, Savage SA, Strong LC, Wang W.一种基于家谱的预测模型识别Li-Fraumeni综合征家族中有害的新生突变携带者。中国生物医学工程学报,2017,30(8):1170-1180,2020。e-Pub 2020。PMID: 32817165。
- 申淑娟,李娟,宁杰,Bojadzieva J, Strong LC,王伟.半参数复发事件模型的贝叶斯估计及其在Li-Fraumeni综合征多原发癌外显率估计中的应用生物统计学21(3):467 - 482年,2020年。e-Pub 2018。PMID: 30445420。
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- Gerstung M,欢乐的C, Leshchiner我Dentro SC,冈萨雷斯,Rosebrock D,米切尔TJ, Rubanova Y, Anur P, Yu K, Tarabichi M, Deshwar, Wintersinger J, Kleinheinz K, Vazquez-Garcia我hasse还K, Jerman L,森古普塔年代,麦金太尔G, Malikic年代,Donmez N, Livitz DG, Cmero M, Demeulemeester J,舒马赫,风扇Y,姚明X,李J, Schlesner M,布特罗斯·电脑,Bowtell DD, Zhu H, Getz G, Imielinski M, Beroukhim R, Sahinalp SC, Ji Y, Peifer M, Markowetz F, Mustonen V, Yuan K, Wang W, Morris QD, PCAWG Evolution & Heterogeneity Working Group, Spellman PT, Wedge DC, Van Loo P, PCAWG Consortium.2658种癌症的进化历史。自然578(7793):122 - 128年,2020年。e-Pub 2020。PMID: 32025013。
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- Maura F、Agnelli L、Leongamornlert D、Bolli N、Chan WC、Dodero A、Carniti C、Heavican TB、Pellegrilli A、Pruneri G、Butler A、Bhosle SG、Chiappella A、Di Rocco A、Zinzani PL、Zaja F、Piva R、Inghrami G、Wang W、Palomero T、Iqbal J、Neri A、Campbell PJ、Corradini P. 转录和突变数据的整合简化了外周T细胞淋巴瘤的分层。《美国血液学杂志》94(6):628-6342019。电子酒吧2019。PMID:30829413。
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- Wang Z, Morris JS, Cao S, Ahn J, Liu R, Tyekucheva S, Li B, Lu W, Tang X, Wistuba II, Bowden M, Mucci L, Loda M, Parmigiani G, Holmes CC,王女.具有免疫浸润的异质性肿瘤样本的转录组反褶积iScience, 2018年。e-Pub 2018。
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- 华勇,杨勇。王女张宁,休斯博士.减速存活:HER4在成神经细胞瘤中保护细胞免受压力并提供化疗耐药性。癌症118(20):5140 - 2012。e-Pub 2012。PMID: 22415601。
- 张宁,徐勇,O’hely M,速度TP, Scharfe C,王女.SRMA:用于重测序阵列数据分析的R包。生物信息学28(14):1928 - 2012。e-Pub 2012。PMID: 22581181。
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- 徐铮,斯普劳A,王女Kukekov N,格林,洛杉矶.Siah1与支架蛋白POSH相互作用,促进JNK活化和凋亡。中国生物医学工程学报2(1):30 - 34,2006。e-Pub 2005。PMID: 16230351。
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- Ewing AD, Houlahan KE, Hu Y, Ellrott K, Caloian C, Yamaguchi TN, Bare JC, P 'ng C, Waggott D, Sabelnykova VY;ICGC-TCGA DREAM体细胞突变呼叫挑战赛参与者:Kellen MR, Norman TC, Haussler D, Friend SH, Stolovitzky G, Margolin AA, Stuart JM, Boutros PC。. 将肿瘤基因组模拟与众包相结合以基准体细胞单核苷酸变异检测。自然方法。e-Pub 2015。
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- 沈P *,王W *范勇;戴维斯RW和沙夫C.多目标捕获与长挂锁探测器。基因组医学(5):50。e-Pub 2013。PMID: 23718862。
- 莫里斯JS,哈桑MM,佐纳叶,王Z,肖L,拉希德A,哈克A,阿卜杜勒瓦哈布R,穆罕默德易,巴拉德吉隆坡,沃尔夫拉,乔治B,李L,艾伦G,韦兰特M,李D,王W,拉格哈夫K,姚J,阿明HM,卡塞博AO.肝评分-14:生物异质性指标显著提高肝癌风险预测。肝脏病学。e-Pub 2020。PMID: 32931023。
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- Wang Z, Kaseb AO, Amin HM, Hassan MM,王女,莫里斯JS.贝叶斯边缘回归在无向图形模型中描述癌症患者间异质性。JASA。
- 安静,盛田,王伟*,袁勇*.利用二元共享参数模型对含有信息缺失数据的纵向二元数据进行贝叶斯分析。统计方法:962280217715051。e-Pub 2017。PMID: 28629259。
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- 帕库利克特TB,Rutehouse EC,Fan Y,王女, Strong L, Huff V.利用全基因组测序鉴定家族性Wilms肿瘤中种系DICER1突变和杂合性缺失。医学遗传学杂志。e-Pub 2015。
- Fang LT, Afshar PT, Chhibber A,Mohiyuddin M, Fan Y, Mu J, Gibeling G, Barr S, Asadi NB, Gerstein M, Koboldt D,王女,黄文慧,林浩。.利用SomaticSeq精确检测so- matic突变的集成方法。基因组生物学。e-Pub 2015。
书的章节
- 王女DNA变异在靶向测序数据中的调用。在:统计生物信息学的进展:模型和综合推断高通量。剑桥大学出版社:纽约,2013。
赠款和合同支助
标题: | TP53种系突变家族癌症风险预测的统计方法和工具 |
资金来源: | NIH / NCI |
角色: | 首席研究员 |
标题: | 神经视网膜的细胞图谱 |
资金来源: | 陈扎克伯格研究所通过贝勒医学院 |
角色: | 首席研究员 |
标题: | 改善Li-Fraumeni综合征的风险预测:临床医疗服务提供者的实用工具 |
资金来源: | 德州癌症预防与研究所乐动体育LDsports中国 |
角色: | 首席研究员 |
标题: | 间变性甲状腺癌的肿瘤内异质性:对新辅助BRAF和免疫导向治疗反应的影响 |
资金来源: | 马克癌症研究基金会乐动体育LDsports中国 |
角色: | 首席研究员 |