陈恳博士

同行评议的文章

1. 王芳，王强，Mohanty V，梁松，窦杰，韩杰，Minussi DC，高锐，丁磊，Navin N，陈K．MEDALT:单细胞拷贝数谱系追踪，使基因发现成为可能。基因组生物学22(1):70,2021。e-Pub 2021。PMID: 33622385。
2. 李俊杰，Kopetz S, Vilar E，沈太平，陈K,Maitra一．SARS-CoV-2进入基因在下消化道肠细胞的相对丰度基因(巴塞尔)11(6)，2020。e-Pub 2020。PMID: 32545271。
3. 梁松，梁强，陈锐，陈K．分层测试减轻了单单元数据中的批处理效果。计算机科学，2020。
4. 梁松，王峰，韩杰，陈K．从单细胞RNA-seq数据推断潜在周期过程。中国科学(d辑):地球科学(d辑)，2019。e-Pub 2020。PMID: 32188848。
5. Li Y, Roberts ND, Wala JA, Shapira O, Schumacher SE, Kumar K, Khurana E, Waszak S, Korbel JO, Haber JE, Imielinski M, PCAWG结构变异工作组，Weischenfeldt J, Beroukhim R, Campbell PJ, PCAWG财团．在人类癌症基因组的体结构变异的模式。自然578（7793）：112-121，2020年电子公布2020 PMID：32025012。
6. 梁Q, Dharmat R, Owen L, Shakoor A, Li Y, Kim S, Vitale A, Kim I, Morgan D, Liang S, Wu N，陈K， DeAngelis MM, Chen R．人视网膜组织单核RNA-seq提供了改进的转录组分析。中国科学(d辑):地球科学(英文版)，2019。e-Pub 2019。PMID: 31848347。
7. 王峰，梁森，王峰，王峰。陈K．SCMarker:用于单细胞转录组分析的从头标记选择。计算机科学与技术(英文版)，2019。e-Pub 2019。PMID: 31658262。
8. 黄KL，Mashl RJ，吴Y，里特DI，王阶，噢C，Paczkowska男，雷诺S，Wyczalkowski MA，橡树N，斯科特AD，KRASSOWSKI男，Cherniack AD，Houlahan KE，贾亚辛格R，王LB，周DC刘d，曹S，金YW，Koire A，麦克迈克尔JF，Hucthagowder V，金TB，哈恩A，王C，麦克莱伦博士，穆拉楼约翰逊KJ，癌症基因组图谱研究网络，Lichtarge O，布特罗斯PC乐动体育LDsports中国，拉斐尔B，Lazar的AJ，张W，Wendl MC，Govindan R，耆那S，惠勒d，库尔卡尼S，Dipersio JF，ReimandĴ，梅里克-Bernstam楼陈K陈芳，丁磊．10389例成人癌症的致病性种系变异。细胞173(2):355 - 370。e14灯头,2018年。PMID: 29625052。
9. 贝利MH, Tokheim C, Porta-Pardo E,森古普塔年代,伯特兰D, Weerasinghe, Colaprico, Wendl MC,金正日J,里尔登B, Ng PK, Jeong KJ,曹年代,王Z,高,高Q,王F,刘EM, Mularoni L, Rubio-Perez C,纳N, Cortes-Ciriano我,周,梁WW,赫斯JM, Yellapantula VD, Tamborero D, Gonzalez-Perez, Suphavilai C, Ko司法院,Khurana E,Park PJ, Van Allen EM, Liang H, MC3工作组，癌症基因组图谱研究网络，Lawrence MS, Godzik 乐动体育LDsports中国A, Lopez-Bigas N, Stuart J, Wheeler D, Getz G, Lawrence MS, Godzik A, Lopez-Bigas N, Stuart J, Wheeler D, Getz G，陈K， Lazar AJ, Mills GB, Karchin R, Ding L．癌症驱动基因和突变的综合特性。细胞173(2):371 - 385。e18, 2018年。PMID: 29625053。
10. 布朗Thorsson V,吉布斯DL, SD,狼D, Bortone DS, Ou杨TH, Porta-Pardo E,高的女朋友,Plaisier CL,艾迪JA,齐夫E Culhane AC, Paull EO, Sivakumar IKA,抚慰着AJ, Malhotra R, Farshidfar F, Colaprico,帕克JS,摩斯勒,签证官NS,刘,刘Y,雷德J, Dhankani V,雷诺兹SM,鲍比R, Califano, Cherniack广告,Anastassiou D, Bedognetti D,饶,陈K， Krasnitz A, Hu H, Malta TM, Noushmehr H, Pedamallu CS, Bullman S, Ojesina AI, Lamb A, Zhou W, Shen H, Choueiri TK, Weinstein JN, Guinney J, Saltz J, Holt RA, Rabkin CE，癌症基因组图谱研究网络，Lazar AJ,乐动体育LDsports中国 serdy JS, Demicco EG, Disis ML, Vincent BG, Shmulevich L．癌症的免疫景观。免疫48（4）：812-830.e14，2018年电子公布2018 PMID：29628290。
11. Zafar H, Tzen A, Navin N，陈K,等我．SiFit:在有限位点模型下从单细胞测序数据推断肿瘤树。中国生物医学工程学报18(1):178,2017。e-Pub 2017。PMID: 28927434。
12. Liu P, Yuan B, Carvalho CM, Wuster A, Walter K, Zhang L, Gambin T, Chong Z, Campbell IM, Coban Akdemir Z, Gelowani V, Writzl K, Bacino CA, Lindsay SJ, Withers M, Gonzaga-Jauregui C, Wiszniewska J, Scull J, Stankiewicz P, Jhangiani SN, Muzny DM, Zhang F，陈K， Gibbs RA, Rautenstrauss B，张SW, Smith J, Breman A, Shaw CA, Patel A, Hurles ME, Lupski JR．一种限制于早期人类发育的生物拷贝数病毒突变体表型。细胞168(5):830 - 842。e7, 2017年。PMID: 28235197。
13. 庄智，阮杰，高敏，周伟，陈涛，范旭，丁磊，李艾，Boutros P，陈杰，陈K．novbreakak:用于癌症基因组中断点检测的局部组装。Nat方法14(1):65-67,2017。e-Pub 2016。PMID: 27892959。
14. Zafar H, Wang Y, Nakhleh L, Navin N，陈K．单卵型:在单个细胞中检测单核苷酸变异。Nat Methods 13(6):505-7, 2016。e-Pub 2016。PMID: 27088313。
15. 曾永华，Dogruluk T, Tedeschi PM, Wardwell-Ozgo J, Lu H, Espitia M, Nair N, Minelli R, Chong Z, Chen F, Chang QE, Dennison JB, Dogruluk A, Li M, Ying H, Bertino JR, Gingras MC, Ittmann M, Kerrigan J，陈K、Creighton CJ、Eterovic K、Mills GB、Scott KL．胰腺癌罕见基因畸变驱动因子的功能注释。Nat Commun 7:10500, 2016。e-Pub 2016。PMID: 26806015。
16. Zhou W, Chen T, Chong Z, Rohrdanz MA, Melott JM, Wakefield C, Zeng J, Weinstein JN, Meric-Bernstam F, Mills GB，陈K．TransVar：一个多层次的变种注释精密基因组学。纳特方法12（11）：1002-3，2015年PMID：26513549。
17. 陈K赵,Meric-Bernstam F, H,张问,Ezzeddine N,唐LY,气Y,毛Y,陈T,庄Z,周W,郑X,约翰逊,Aldape KD, Routbort MJ, Luthra R, Kopetz年代,戴维斯,de Groot J,腐朽,Vinod R, Farhangfar CJ,肖公里,Mendelsohn J,米尔斯GB, Eterovic正义与发展党．通过深增强临床诉有针对性的实体瘤的测序。临床化学61（3）：544-53，2015年电子公布2015 PMID：25626406。
18. 周伟，赵洪，Chong Z, Mark RJ, Eterovic AK, Meric-Bernstam F，陈K．ClinSeK:临床测序的靶向变异特征框架。基因组学7(1):34,2015。e-Pub 2015。PMID: 25918555。
19. Ding L, Ley T, Larson DE, Miller CA, Koboldt DC, Welch JS, Ritchey JK, Young MA, Lamprecht T, McLellan MD, McMichael JF, Wallis J, Lu C, Shen D, Harris CC, Dooling DJ, Fulton RS, Fulton LL，陈K， Schmidt H, Kalicki-Veizer J, Magrini V, Cook L, McGrath SD, Vickery TL, Wendi MC, Heath S, Watson MA, Link DC, Tomasson MH, Shannon WD, Payton JE, Kulkarni S, Westervelt P, Walter MJ, Graubert TA, Mardis E, Wilson R和Dipersio JF．在复发性急性髓系白血病克隆演变揭示的全基因组测序。自然481，2012年E-酒吧2012结论：22237025。
20. Mills RE, Walter K, Stewart C, Handsaker RE，陈K，的烷C，阿贝佐夫A，尹SC，叶K，奇塔姆RK，Chinwalla A，康拉德DF，傅Y，Grubert楼Hajirasouliha I，Hormozdiari楼Iakoucheva LM，伊克巴尔Z，康S，基德JM，Konkel MK，光辉Ĵ，库拉纳E，Kural d，榄HY，冷Ĵ，李R，李Y，林CY，罗R，穆XJ，NemeshĴ，佩卡姆HE，劳施T，斯卡利A，施X，Stromberg的MP，STUTZ AM，城市AE，沃克JA，吴Ĵ，张艳，张ZD，Batzer MA，丁L，马斯GT，McVean G，SebatĴ，斯奈德男，王静，叶K，艾希勒EE，格斯坦MB，Hurles ME，李ç，McCarroll SA，科贝尔JO，千人基因组计划．通过群体规模的基因组测序绘制拷贝数变异。自然470(7332):59 - 65,2011。PMID: 21293372。
21. 1000基因组项目联盟．从人口规模测序得到的人类基因组变异图。自然467(7319):1061 - 73年,2010年。PMID: 20981092。
22. Koboldt直流,陈K， wlie T, Larson DE, McLellan MD, Mardis ER, Weinstock GM, Wilson RK, Ding L．VarScan：变体检测在个体和合并样品的大规模平行测序。生物信息学25（17）：2283-5，2009。电子酒吧2009. PMID：19542151。
23. 陈K， Wallis JW, McLellan MD, Larson DE, Kalicki JM, Pohl CS, McGrath SD, Wendl MC, Zhang Q, Locke DP, Shi X, Fulton RS, Ley TJ, Wilson RK, Ding L, Mardis ER．BreakDancer:基因组结构变异的高分辨率制图算法。方法6(9):677- 81,2009。e-Pub 2009。PMID: 19668202。
24. Ley TJ, Mardis ER, Ding L, Fulton B, McLellan MD，陈KDooling D Dunford-Shore BH,麦格拉思年代,Hickenbotham M,库克L,雅培R,拉尔森DE, Koboldt,波尔C,史密斯,霍金斯,阿博特年代,洛克D, Hillier LW,矿工T,富尔顿L, Magrini V,威利T, Glasscock J,论文康耶斯J,桑德N, X,奥斯本小,风骚女子P,戈登•D Chinwalla,赵Y,里斯,佩顿我,韦斯特维尔特介绍P, Tomasson MH,沃森M,Baty J, Ivanovich J, Heath S, Shannon WD, Nagarajan R, Walter MJ, Link DC, Graubert TA, DiPersio JF, Wilson RK．一个正常细胞遗传学急性髓细胞白血病的基因组DNA测序。自然456（7218）：66-72，2008。PMID：18987736。
25. 癌症基因组图谱研究网络乐动体育LDsports中国．全面的基因组特征定义了人类胶质母细胞瘤基因和核心通路。自然455(7216):1061 - 2008。e-Pub 2008。PMID: 18772890。
26. 陈K， mcclellan MD, Ding L, Wendl MC, Kasai Y, Wilson RK, Mardis ER．PolyScan:一种用于分析人类重测序数据的自动indel和SNP检测方法。中国生物医学工程学报，2017,32(5):643 - 648。e-Pub 2007。PMID: 17416743。
27. 陈K， Hasegawa-Johnson M, Cohen A, Borys S, Kim S, Cole J, Choi JY．基于韵律的美式英语广播新闻语料库语音识别。计算机工程与应用，2006,35(1):42 - 46。
28. Meric-Bernstam F, Brusco L, Daniels M, Wathoo C, Bailey A, Strong L, Shaw K, Lu K, Qi Y, Zhao H, Lara-Guerra H, Litton J, Arun B, Eterovic AK, Aytac U, routbert M, Subbiah V, Janku F, Davies MA, Kopetz S, Mendelsohn J, Mills GB，陈K．在前瞻性体细胞基因组分析方案中，1000个晚期癌症的偶然种系变异。安杂志。e-Pub 2016。PMID: 26787237。
29. 王Y，沃特斯Ĵ，梁ML，安鲁A，卢武铉W，石X，陈K张辉，赵瑞，Michor F, Meric-Bernstam F, Navin NE．单核基因组测序揭示乳腺癌的克隆进化。大自然。e-Pub 2014。PMID: 25079324。
30. Zhou W, Chen T, Zhao H, Eterovic AK, Meric-Bernstam F, Mills GB，陈K．超深测序实验中去除读重复的偏倚。生物信息学。e-Pub 2014。PMID: 24389657。
31. 陈K，陈丽，范旭，王丽丽，丁磊，温斯东克．TIGRA：有针对性的迭代图路由汇编为断点组装。Genome Res。E-2013酒吧结论：24307552。
32. 陈K， Navin NE, Wang Y, Schmidt HK, Wallis JW, Niu B, Fan X, Zhao H, McLellan MD, Hoadley KA, Mardis ER, Ley TJ, Perou CM, Wilson RK, Ding L .．BreakTrans：揭开基因融合的基因组结构。基因组生物学14（8）：R87。E-2013酒吧结论：23972288。
33. 苗强，王芳，窦俊，伊克巴尔R，穆夫托格鲁M, Basar R，李磊，Rezvani K，陈K．CyTOF数据中的从头计算溢出补偿。Cytometry A. e-Pub 2020。PMID: 33342071。
34. 大刀M, Basar R, Gokdemir E, Baran N, Uprety N, Nunez议会AK, Mendt M, Kerbauy LN, Banerjee PP、埃尔南德斯Sanabria M, Imahashi N, L, Lim FLWIL, Fathi M, Rezvan,莫汉蒂V,沈Y, Shaim H,陆J, Ozcan G, Ensley EL,卡普兰M, Nandivada V, Bdiwi M, Acharya年代,Xi Y, Wan X,麦DH,刘E,江泽民XR,盎年代,Muniz-Feliciano L,李Y,王J,Kordasti S, Petrov N, Varadarajan N, Marin D, Brunetti L, Skinner RJ, Lyu S, Silva L, Turk R, Schubert MS, Rettig GR, McNeill MS, Kurgan G, Behlke MA, Li H, Fowlkes NW，陈K,Konopleva男，普林R，Shpall EJ，雷兹瓦尼ķ．靶向细胞因子检查点可增强装甲脐带血CAR-NK细胞的适应性。血。e-Pub 2020。PMID: 32902645。
35. Zafar H, Navin N，陈K,等我．SiCloneFit:从单细胞基因组测序数据对肿瘤克隆群体结构、基因型和系统发育的贝叶斯推断。Genome Res. e-Pub 2019。PMID: 31628257。
36. Wang F, Zhang S, Kim TB, Lin YY, Iqbal R, Wang Z, Mohanty V, Sircar K, Karam JA, Wendl MC, Meric-Bernstam F, Weinstein JN, Ding L, Mills GB，陈K．整合转录组-基因组工具Texomer描述癌症组织。Nat方法。e-Pub 2019。PMID: 30988467。
37. Wang Z, Kim TB, Peng B, Karam JA, Creighton CJ, Joon AY, Kawakami F, Trevisan P, Jonasch E, Chow CW, Rodriguez-Canales J, Tamboli P, Tannir NM, Wood CG, Monzon FA, Baggerly KA, Varella-Garcia M, Czerniak B, Wistuba II, Mills GB, Shaw K，陈KSircar K．肉瘤样肾细胞癌有独特的分子发病机制、驱动突变谱和转录谱。Clin Cancer Res. e-Pub 2017。PMID: 28710314。
38. Fan X Chaisson M, Nakhleh L，陈K．HySA:一种使用下一代和单分子测序技术的混合结构变体组装方法。Genome Res. e-Pub 2017。PMID: 28104618。

邀请的文章

1. 扎法尔H，导航N，Nakhleh L和陈K．从单细胞基因组数据推断肿瘤进化的计算方法。系统生物学的最新观点:2018年7月16日-25日。
2. Navin不陈K．从单细胞数据中对肿瘤克隆进行基因分型。Nat方法13(7):555-6,2016。PMID: 27355792。