助理数据科学家——表观遗传学和分子致癌作用(Ting实验室)

表观遗传学和分子致癌作用是一个跨学科,基础科学研究部门进行开创性的研究,旨在定义机制控制正常细胞生长、增殖、分化、和生存机制控制基因组维护来识别这些过程中的畸变驱动癌症。乐动体育LDsports中国

表观遗传学和分子致癌作用

表观遗传基因调控正常发育和疾病状态是很重要的。在癌症中,异常的启动子CpG岛相关高度甲基化与基因失活和可以占基因表达的缺失突变并不存在。丁博士感兴趣的是解剖表观遗传基因沉默的机制和理解DNA甲基化的功能相关性疾病。丁博士的实验室有三个主要的重点领域:

• 开创性的技术为全基因组DNA甲基化分析和计算工具。丁博士开发MBD-isolated基因组测序(董事长),这是一个符合成本效益的技术调查全基因组DNA甲基化模式。Ting实验室还开发计算工具,方便测序数据的分析和解释。
• 定义小说和临床相关的DNA甲基化的功能。我们定义了全基因组DNA甲基化异常patternsin结肠、膀胱和前列腺癌。知道这些中断发生时使我们产生和测试假设关于这些变化的功能。我们研究基因启动子和non-promoter区域的目标定义上下文特定的DNA甲基化的函数。
• 描述DNA甲基化在肿瘤的机制。广泛破坏DNA甲基化模式是导致肿瘤发生和进展,但监管机制,建立、维护和修改这些模式仍在制定当中。乐动体育LDsports中国丁博士的实验室的研究人员探索表观遗传酶的角色,小非编码rna,启动和维护的环境因素在癌症异常的DNA甲基化模式。

请注意这个角色混合现场/远程。一些工作职责可以满足部分远程现场但可能需要一些时间,一般一到两天/周。

关键功能

测序数据分析

• 协助编写计算机代码建立新的计算管道使用R, Python, c++。
• 创建新的脚本直接实施具体的数据操作或出版软件适应项目需求和计算基础设施。
• 监督和帮助高级生物信息学人员和π,执行基因组数据分析,如单细胞RNA-seq RNA-seq, ChIP-seq, HiC-seq。
• 在开发和实现工作流提供援助和输入数据分析与研究的科学家合作。乐动体育LDsports中国协助假设检验。

数据和系统维护

• 在直接监督下,构建和部署大型数据集的数据分析支持系统。
• 与系统管理员密切互动,协助维护和运行为下一代测序数据分析软件包。
• 监督和帮助高级生物信息学人员和π,进行数据质量控制、序列比对,序列分析、注释和解释。
• 组织和呈现结果。

乐动体育LDsports中国研究支持

• 有利于发展的过程和在新的程序提出建议。
• 探索和学习新技术与实验室相关研究项目。乐动体育LDsports中国
• 与π交互并协助其他研究,计算、科学或支持人员完成项目集中或结果。乐动体育LDsports中国