数据科学家助理(Pavan Bachireddy博士的实验室)

数据科学家助理

使命宣言
的德克萨斯大学MD安德森癌症中心的使命是消除癌症在德克萨斯州,全国和世界通过优秀项目,整合病人护理,研究和预防,并为本科生和研究生通过教育,培训,专业人士,员工和公众乐动体育LDsports中国。

总结
助理数据科学家的主要目的是协助分析和临床开发的算法和软件,操作,和科学问题。这个位置影响临床、操作和科研项目。乐动体育LDsports中国

具体工作的能力

新一代测序的数据分析和部署Immunogenomic工具:
运行体细胞突变,复制和转录改变管道数量匹配肿瘤/正常对全基因组外显子组/和RNA-seq数据。

运行单克隆估计和突变发展史推理工具。

执行单点和连续分析单细胞RNA-seq, ATAC-seq CITE-seq和TCR / BCR-seq数据。

创建管道组成一套广泛的内部和外部的免疫反褶积,HLA推论,neoantigen预测,T和b细胞剧目分析软件。

编写自定义脚本提高免疫原性方法在实验室开发。包工具使用码头工人和Conda应用程序。

协助和教别人:
协助分析和发展形式、算法和软件。

与方向,开发和维护软件工具和基础设施来解决具体问题。

维护管道进行测序数据的分析。

有利于发展的过程和在新的程序提出建议;通过杂志俱乐部有助于知识氛围,分享他人的想法和建设性的反馈报告,和协作。

支持正在进行的研究项目:乐动体育LDsports中国
提供生物信息学和基本统计支持正在进行的研究项目包括/突变基因差异表达分析、基因集富集和路径分析,自定义序列比对等。乐动体育LDsports中国

下载和分析TCGA等公开的数据集,CCLE, GTEx和地理。

生成定制的分析结果的可视化。

组织数据和文档和代码为每个项目开发

分配的其他职责。