2018年6月18日
什么是“组学以及它们如何能改善癌症治疗?
阿娇克鲁斯
一个基因可以告诉你很多关于你患癌症的风险而你可能达到的回应癌症治疗。但只有一个基因能做这么多,在你的身体里,它和成千上万的其他基因、蛋白质和分子一起工作来支持你的身体生存所需要的一切。
其中,“组学进来
这就是“经济学”的用武之地。这个词来自希腊语“ome”,意思是群体或整体。在生物学中,它是研究和描述同一类型的所有生物分子,以及它们如何在体内相互关联,产生生命的功能。所以蛋白质组学蛋白质组学是研究所有蛋白质共同作用,为细胞或器官提供特定功能的学科。基因组学研究的是你所有的基因——你的基因组——以及它们如何相互作用。
重要的是要仔细观察单个基因以了解更多它们的功能,他说约翰·温斯坦,医学博士,博士不过,研乐动体育LDsports中国究人员可以通过使用“基因组学方法来研究基因的上下文,并观察其在细胞环境中是如何工作和相互作用的。”自从韦恩斯坦在1997年的一份出版物中首次使用“组学”这个术语以来,“组学已经被应用到科学家可以研究的几乎所有领域:糖组学、脂组学、代谢组学、药物基因组学和免疫组学,以及其他数十种。”
提出正确的问题
科学研究是基于假设 -乐动体育LDsports中国 和更清晰的你的假设是你开始学习,更好的机会,你必须找到一个高品质的答案之前。大部分的“组学所做的工作的帮助研究人员更好的工艺配方假设。乐动体育LDsports中国
“使用“组学,你就不会得到最终答案的癌症问题,”温斯坦说。“但你会得到指出在你的下一个研究方向是正确的。”
在大型数据集可以通过帮助重点发展基因的基因组或对他人进行进一步的调查产生的假设,它们可以被用来验证从数据临床试验。他们还可能导致更多的研究:一旦你找到的东西的作品患者,你可以找到别的东西是相似?您可以连接的结构和功能,或发现两种蛋白质发挥类似的作用?
最好的例子就是寻找药物靶点。一旦一个可以被特定药物靶向的基因被确定,你能找到另一个相似但可能更有效靶向的基因吗?
路线图,以更好的癌症治疗
癌症基因组图谱(TCGA)程序,由美国国家癌症研究所和国家人类基因组研究研究所建立,已产生的数据从超过11,000患者映射33种肿瘤类型键的分子变化。乐动体育LDsports中国许多MD安德森医生和研究人员到TCGA乐动体育LDsports中国,这使得数据提供给世界各地的研究人员的帮助贡献。
Rehan Akbani博士,生物信息学和计算生物学副教授,参与了TCGA的妇科/乳腺癌亚组。目标是找到彼此的相似点和不同点乳房和妇科癌症。
“我们希望,以确定这些癌症之间的共同的生物标志物,在能够跨肿瘤类型更有效地运用我们目前的治疗的希望,”他说。
他研究的另一个主要方面是对转化生长因子信号通路的新颖分析乐动体育LDsports中国,众所周知,这一通路影响许多癌症。Akbani和他的同事是第一个对33种TCGA肿瘤类型进行分析的人,他们希望利用已知的某些癌症的路径来帮助我们更好地了解它在其他癌症中的工作方式。
“我们正在寻找现有疗法新应用的机会,”他指出。
大数据需要大协作
很多东西,在“组学正在做的研究是不可能的几十年前。乐动体育LDsports中国根据定义,“组学研究是看整体。乐动体育LDsports中国这意味着任何一个大规模的研究,无论是基因,蛋白质,代谢分子或其他任何东西的,有一个巨大的连接到它的数据量。(TCGA alone has produced more than 2 petabytes – that’s 2 million gigabytes – of data.) It requires huge amounts of computing power and data storage, as well as trained professionals who know how to manage, process, analyze and interpret all of the data we generate every day in our labs and clinics.
这就是为什么安德森的生物信息学和计算生物学系有10名软件工程师帮忙办理的计算需求和创造实现在分析和解释专门的算法来帮助新的软件程序。他们和部门的统计分析师医生和研究人员协同工作,使的什么在实验室或临床试验已经发生的事情的感觉。乐动体育LDsports中国
前进的道路
“组学研究和大数据将永远不会完全取代了更传统的一个基因/一种蛋白质研究,温斯坦笔记,但两者是相辅相成的。乐动体育LDsports中国研究人员可以了解更多关于癌症和它是如何形成这两种方式相结合。
了解更多,MD安德森可以向真正的精密医学的进一步措施。这将允许我们用最好的疗法为他们的特定肿瘤的特点来定制我们的癌症患者的治疗。
“我们正在寻找在癌症许多脆弱性,我们可以发现,” Akbani说。“如果我们看一下套基因,而不只是一个,看所有的分子靶点和它们之间的关系,希望我们会找到更多的途径来目标癌症。这不是一个尺寸适合所有的问题,所以我们需要找到一个需要适应每个选项“。
这个故事的一个更长的版本最初出现在Messenger中,安德森的季刊员工,志愿者,退休人员和他们的家人。
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