空间组学提供了一个更深层次的看三级淋巴结构癌症

三级淋巴结构是高度组织的免疫细胞中形成non-lymphoid组织。他们经常在网站找到的炎症,包括多种实体肿瘤。他们由基质细胞以及免疫细胞类型的多样化在各种细胞状态。在一起,三级淋巴结构驱动一个抗肿瘤免疫反应。然而,他们并没有完全理解。

“仍有更多的了解在三级淋巴细胞的表型异质性结构,其空间组织模式,与癌细胞的细胞间通讯网络和他们的相声,“计算生物学家说全部,医学博士博士。

空间技术提供深入理解三级淋巴结构

传统方法研究三级淋巴结构包括组织学、免疫组织化学、多重免疫荧光法和流式细胞术。这些方法提供三级淋巴结构的空间位置和细胞成分,但是他们缺乏全面了解所需的分辨率和深度。

它就像试图了解整个城市只知道某些建筑包含,不知道这些建筑位于相对于彼此。

新的空间技术,如单细胞空间转录组和high-plex空间multiomics单细胞成像,提供高分辨率的空间映射的三级淋巴细胞类型结构和提供更多细节,功能状态和细胞组织。他们还提供洞察三级淋巴结构之间的相互作用,肿瘤细胞和其他细胞肿瘤微环境。

这些新技术不仅给科学家一个城市的地图;他们还透露如何移动和交互,为细胞提供一个更生动的组织上下文。

“没有空间分析,我们无法计算出细胞的环境中,”王说。“但是现在我们能够回答的问题:“细胞在哪里?他们是如何组织的?它们在肿瘤床或保证金?他们的邻居是谁?”王补充道。

新的空间分析工具识别和表型三级淋巴结构

“有高需求的计算工具和框架,有效地分析空间数据在超分辨率,”王说。她说的需求特别高工具来描述复杂的肿瘤微环境与肿瘤细胞之间的相互作用,免疫细胞和基质细胞。

王共事的同事从宾夕法尼亚大学和埃默里大学开发最先进的计算工具,有效整合组织学数据创建一个高级空间肿瘤浸润的T细胞、B细胞和浆细胞内外的三级淋巴结构。

工具从空间集成表达数据转录组与癌的组织学特征。“组织学数据为我们提供了另一个维度,”王说。

高分辨率肿瘤组织学图像含有丰富的形态学信息,包括:

• 细胞结构,
• 组织机构,
• 细胞大小、密度和形状,
• 肿瘤分级和分化,
• 坏死,
• 入侵模式和
• 基质的特点。

“然而,这样重要的信息经常被忽视,没有充分利用空间的组学数据分析,”王说。

在2023年,美国癌症研究协会年会(AACR)乐动体育LDsports中国,小王将加入的同事讨论这个癌症研究的热点话题。乐动体育LDsports中国“我将分享是如何影响B细胞反应的计算角度的癌症,”王说。

她会分享团队的经验利用各种计算工具来检测和表型三级淋巴结构在不同癌症类型。

细胞状态和位置的三级淋巴结构可能会影响免疫反应

除了几个细胞存在三级淋巴结构,细胞还可以具有不同的细胞状态。“他们可能含有B细胞和T细胞在不同的分化和功能状态,如天真、内存、监管、筋疲力尽,并强调细胞,”王说。各种状态的树突细胞,成纤维细胞或浆细胞产生IgA免疫球蛋白抗体也在场,她补充道。

细胞成分、组织和位置的三级淋巴结构决定其功能至关重要。用一种改进的理解三级淋巴结构内肿瘤,有希望,他们的潜能可以被用来增强病人的反应免疫疗法治疗方法。

“虽然我们仍在利用空间组学分析的早期阶段,看到详细的抗肿瘤反应的三级淋巴结构是一个很好的起点,”王说。

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