归档软件

以下是生物信息学和计算生物学系提供的存档软件和服务。这些工具由德克萨斯大学MD安德森癌症中心和帮助开发它们的癌症中心的个人雇员享有版权。它们可免费供个人在研究项目中使用;乐动体育LDsports中国但是，任何想要使用它们或修改它们以用于商业项目的人应该联系科技商业化办公室．

• BayesMix

  一种对差异基因表达进行基于模型推理的工具，使用非参数贝叶斯混合概率模型来计算不同条件下基因强度的分布。

• BREPA

  通过成对对齐来解决断点

• 克伦威尔

  Cromwell是一套用于质谱蛋白质组学数据低层次处理的MATLAB脚本。克伦威尔依赖于非抽取的离散小波变换去噪光谱。

• 微阵列上的浏览器

  GO Browser是一个用于基因表达微阵列数据探索性分析的工具

• OOMPA

  OOMPA是一个面向对象的微阵列和蛋白质组学分析库，使用S4类在R中实现，并与BioConductor兼容。

• 完美的匹配

  该程序分析Affymetrix公司生产的寡核苷酸。它使用位置依赖最近邻(PDNN)模型从文件中计算基因表达水平。

• 普拉达

  PRADA是一个分析配对末端RNA-Seq数据以生成基因表达值(RPKM)和基因融合候选基因的管道。

• RATb

  报告和分析模板生成器(RATb)使用XML和R创建可重用的结构化Sweave文件，用于高通量组学数据集的统计和生物信息学分析。

• 结果查看器

  浏览器数据库查询工具，用于微阵列实验的数据分析结果。

• 火箭

  Rocket是一组perl脚本和模块，用于确认我们核心实验室中测序的克隆与供应商提供的注释匹配。

• 序列质量检查

  该服务提供了一种工具，用于预测序列是否代表真实的基因和功能性产品，或者给定序列或FASTA格式的序列列表，是否存在污染/转录噪声。

• 泰德

  TAD由一个连接到关系型SQL数据库的Active Server Page web界面组成，该数据库可以自动化组织微阵列记录评分，并将评分与未来的临床数据连接起来。

• 系

  TIGRA:用于断点装配的目标迭代图路由汇编器

• WFMM

  基于小波的泛函混合模型。实现了基于马尔可夫链蒙特卡罗(MCMC)贝叶斯小波的混合函数模型过程