生物信息学和计算生物学系

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可用软件

以下是生物信息学和计算生物学系提供的软件和服务。这些工具受德克萨斯大学MD Anderson癌症中心和癌症中心的个人雇员的版权保护。它们可免费供个人在研究项目中使用；但是，任何人如果希望在商业项目中使用或修改它们，应联系乐动体育LDsports中国技术商业化办公室.

特色的软件

 geneSmash是关于人类基因的各种信息来源的混合，包括NCBI Entrez基因FTP网站、UCSC Genome Browser、miRBase和从制造商网站提取的人类基因表达阵列注释。使用基因粉碎
TCPA是一个基于网络的综合资源，用于访问、可视化和分析癌症功能蛋白质组学。
 下一代(集群)热点地图是一个基于网络的工具，用于显示可缩放(聚集)的热图，并链接到统计信息、数据库和其他相关分析。他们现在有了更快、更动态的界面和工具来构建ng - chm银河系生物信息学平台。
 TANRIC是一个开放获取资源，用于癌症中lncRNAs的交互式探索。
 拼接顺序为研究下一代mRNA序列数据中的选择性mRNA剪接提供了一种快速、简便的方法。TCGA拼接序列是一个相关的基于网络的工具，用于在数以千计的TCGA样本中探索替代剪接。
 TCGA批处理效果工具V2提供TCGA数据集的图形和统计分析，识别和纠正系统偏差，如趋势和批次效应。
 SoS（脚本脚本脚本）包括SoS多语言笔记本和SoS工作流引擎，一个用于交互式数据分析和批处理数据的多语言环境。
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所有软件

  • BM地图

    一个强大的生物信息学软件工具，用于完善下一代测序（NGS）读取映射

  • 崩溃

    异质性肿瘤样本中SVs的击穿基因分型

  • 断续融合

    从RNA-seq数据识别基因融合的计算管道。

  • BreakTrans

    BreakTrans将基因融合映射到癌症细胞的基因组结构

  • 坎德拉

    CanDrA是一种计算机程序，可以预测癌症类型特异性的驱动错义突变

  • 夹子

    通过惩罚成对差异进行克隆结构鉴定

  • 德米特

    使用来自RNAseq或微阵列平台的表达数据对含有两种或三种成分的异质性肿瘤样本进行细胞类型特异性反褶积

  • 药库

    drugBase提供了到药物靶标相互作用数据库的RESTful接口。

  • DyCE

    DyCE是一个服务器，它允许远程用户访问高级计算建模和分析工具，并直接在浏览器中查看分析结果。

  • 估计

    一种利用基因表达数据预测肿瘤纯度和肿瘤组织中浸润性基质/免疫细胞存在的工具。

  • Famdenovo

    利用家族史数据估计种系突变重新发生的概率。

  • FamSeq

    FamSeq是一种计算工具，用于计算基于家族的测序数据中变异的概率。

  • 法斯米克

    FASMIC是一个综合性的数据库，以实验证据为基础的癌症体细胞突变的功能影响。

  • GeneClust

    GeneClust是一个用于基因表达微阵列数据探索性分析的工具。可用的实现包括用于在机器上安装的S-plus和R包，以及用于在浏览器中分析较小数据集的Javascript版本。

  • geneSmash

    geneSmash是关于人类基因的各种信息源的综合，包括NCBI Entrez基因FTP站点、UCSC基因组浏览器、miRBase和从制造商网站提取的人类基因表达阵列注释。使用基因粉碎

  • IdeogramViewer

    一种交互式工具，用于查看人类染色体上基因的位置和注释。

  • LFSPRO

    TP53突变是Li-Fraumeni综合征的主要原因。该软件包旨在根据患者的家族癌症史，评估患者是TP53突变携带者的可能性。我们还将LFS classic和Chompret标准包括在包中。

  • MBatch

    R包，帮助评估和纠正批次效应。

  • MD安德森细胞系项目（MCLP）

    mcp为获取、可视化和分析癌症细胞系的功能蛋白质组学提供了一个全面的资源。

  • 缪斯

    下一代测序数据中肿瘤正常配对样本的体细胞点突变。

  • 下一代（群集）热图（NG-CHM）

    可缩放（群集）热图，链接到统计信息、数据库和其他相关分析。这是该软件的第2版，具有更快、更动态的界面和用于在银河系生物信息学平台。

  • 下一代（群集）热图（NG-CHM）R包

    用于创建NG CHM的R包。

  • 通路网络

    一个开放使用的集成API的路径，基因，定向基因交互，和基因本体论与数据版本的起源。

  • 黑河

    关联多组数据以准确预测癌症中的驱动突变

  • Ribo-TISH

    核糖序列数据驱动的翻译起始位点

  • 萨米

    SAMMI（半自动代谢图插图）是一个基于web的工具，用于可视化代谢网络和相关数据。

  • 样本量

    用于计算检测微阵列实验中表达变化所需样本数量的工具。(使用样本大小)

  • 脚本中的脚本

    SoS多语言笔记本和SoS工作流引擎，一个用于交互式数据分析和批处理数据的多语言环境。

  • 拼接顺序

    在下一代mRNA序列数据中研究替代mRNA剪接的工具

  • 亚克隆重建

    通过惩罚成对差异进行克隆结构鉴定

  • 超曲线

    SuperCurve是一个独立的软件包，与OOMPA捆绑在一起，它提供了分析反相蛋白质阵列的工具。

  • SurvNet

    该服务提供了一个生物信息网络应用程序，用于识别与患者生存数据最相关的基于网络的生物标记物。使用SurvNet.

  • SWAKK

    这项服务提供了一个生物信息网络应用程序，使用滑动窗口替代率分析对蛋白质进行正向选择。使用SWAKK.

  • TCGA批处理效果

    癌症基因组图谱（TCGA）项目通过使用不同的测序中心和技术，从不同的组织源位置获取数据集，研究不同类型的癌症。数据集有时可能会有偏差，这取决于它来自的批次。TCGA批次效果工具提供不同TCGA数据集的预计算图形注释，允许用户在数据集中筛选批次偏差。

  • TCGA拼接序列

    TCGA SpliceSeq提供了对33种不同肿瘤类型的数千个TCGA肿瘤样本中替代mRNA剪接的分析。所有基因的所有可能的剪接事件的值中剪接百分比可以查询、图形显示和下载。

  • 癌症中非编码RNA图谱（TANRIC）

    开放获取资源，用于癌症中lncRNAs的交互式探索。

  • 癌症线粒体图谱(TCMA)

    用于访问、可视化和分析癌症线粒体基因组数据的综合资源。

  • 癌症蛋白质组图谱(TCPA)

    一个全面的资源，用于访问、可视化和分析癌症功能蛋白质组学。

  • TransVar

    TransVar是遗传元素和遗传变异的多途径注释器。

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