CRISPR / CAS9已经发展成为基因扰动最强大的工具,并且广泛用于蛋白质功能分析。成功的蛋白质编码基因的敲除依赖于高效率选择SGRNA。在这里,我们提出了一个双层集合预测器的指南,它能够集成多种预测方法和特征集,以预测CRISPR / CAS9蛋白截止的SGRNA效率
如右图所示,GuidePro集成了用不同类型的特征培训的三个子预测器,该特征与蛋白质敲除共同有助于蛋白质敲除:i)第一预测器(SA)预测基于SGRNA序列的其他方法的输出的SGRNA活性。ii)第二预测器(FP)预测射击概率利用三种机器学习模型的indel类型预测。III)第三种预测因子(AS)预测蛋白质特征注释的氨基酸敏感性。在独立数据集上进行测试,GuidePro在预测蛋白质丧失损失引起的表型上表现出一致的优异性能,表明其在广泛的实验环境中的鲁棒性。
为一个或多个蛋白质编码基因选择高效的SGRNA这里。
可以获得基因组Top10优先SGRNA和用于提取用户定义基因列表的SGRNA的命令行脚本这里。
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魏他(第一作者)
postdoctoral sclow
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韩旭(主管)
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