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GuidePro:用于在CRISPR / CAS9蛋白截止中优先考虑SGRNA的集合预测器


CRISPR / CAS9已经发展成为基因扰动最强大的工具,并且广泛用于蛋白质功能分析。成功的蛋白质编码基因的敲除依赖于高效率选择SGRNA。在这里,我们提出了一个双层集合预测器的指南,它能够集成多种预测方法和特征集,以预测CRISPR / CAS9蛋白截止的SGRNA效率

如右图所示,GuidePro集成了用不同类型的特征培训的三个子预测器,该特征与蛋白质敲除共同有助于蛋白质敲除:i)第一预测器(SA)预测基于SGRNA序列的其他方法的输出的SGRNA活性。ii)第二预测器(FP)预测射击概率利用三种机器学习模型的indel类型预测。III)第三种预测因子(AS)预测蛋白质特征注释的氨基酸敏感性。在独立数据集上进行测试,GuidePro在预测蛋白质丧失损失引起的表型上表现出一致的优异性能,表明其在广泛的实验环境中的鲁棒性。

为一个或多个蛋白质编码基因选择高效的SGRNA这里。

可以获得基因组Top10优先SGRNA和用于提取用户定义基因列表的SGRNA的命令行脚本这里。

要了解更多关于我们的研究,请访问乐动体育LDsports中国徐实验室。


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选择高效SGRNA用于CRISPR-CAS9介导的蛋白质敲除


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SGRNA选择指南:

1.将鼠标悬停在列标题上,查看每列的详细说明。

2.选择与基因组唯一对齐的SGRNA以减少潜在的偏离目标。

3.选择具有更高指南分数的SGRNA,以获得更高的蛋白质敲除效率。

4.如果需要大量的SGRNAS,建议使用大于0的GuidePro分数。

5.单击基因组基因座以进一步探索UCSC基因组浏览器上的其他基因组特征。

Contacts" id="tab-6699-3">

欢迎任何反馈和合理的要求与我们联系


魏他(第一作者)
postdoctoral sclow
德克萨斯州大学安德森癌症中心
表观遗传学和分子致癌部
科学园
1808 Park Road 1C
史密斯维尔,德克萨斯州78957
512-237-6510
whe3@mdanderson.org.


韩旭(主管)
主要调查员
德克萨斯州大学安德森癌症中心
表观遗传学和分子致癌部
科学园
1808 Park Road 1C
史密斯维尔,德克萨斯州78957
512-237-9474
hxu4@mdanderson.org.


Xu lab web page" id="tab-4612-1">
GuidePro source code" id="tab-4612-2">
SSC web server" id="tab-4612-3">
MoPAC for multi-sample CRISPR screen analysis" id="tab-4612-4">
ProTiler for tiling CRISPR screen analysis" id="tab-4612-5">
CRISPR-DO for genome-wide CRISPR design" id="tab-4612-6">