细胞系化学预测因子的重现性

这个网页包含了汇总分析数据的文件从细胞系获得化学敏感性:法医生物信息学和高通量生物学的可重复性研究乐动体育LDsports中国基斯·a·巴格里(Keith A. Baggerly)和凯文·r·库姆斯(Kevin R. Coombes)所著。这篇文章现在已刊登在《纽约时报》上应用统计年报20093(4): 1309 - 1334。所有分析均由Keith A. Baggerly和Kevin R. Coombes完成。


本页已于2010年5月9日(星期日)更新,以包含上述论文的参考文献。以下水平线以下的一切都是冻结的,不会改变。这一页是在2009年11月19日星期四更新的,在galleys被标记之后。自2009年9月24日星期四以来,我们做了一个更改,在检查doxorubicindetail时添加了虚线,并重新打包了相关的zip文件。我们的目的是避免在发布后更改这里发布的文件,允许网站作为我们分析的永久文档。任何更改都将在一个单独的页面上设计附录,勘误表,需要改正之处以及其他相关的拉丁词。


这是可用材料的清单。补充报告为PDF格式。源代码、中间结果和公共数据源都在zip文件中,从一个公共目录开始。最简单的方法是下载“Everything”并解压缩文件。对于最小的重建,我们下载源代码(包含脚本和RNowebSource),原始数据,Matlab文件,创建文件夹的图形,Latex, RDataObjects,和RTangle,源代码“Scripts/runAll.R”。因为runAll。R是特定于系统的,需要进行一些修改以指向本地安装的pdflatex等。这将创建用于生成结果的所有图、报告、RDataObjects和R脚本(在RTangle中)。这在我的MacBook Pro上大约需要7.5分钟。

我们的分析源代码依赖于一些软件程序和辅助包;我们提供脚本,而不是独立的可执行文件。包的详细描述(带有版本号)列在主要手稿的方法部分。执行源代码所需的软件片段可从下列地点获得: